Renal Hücreli Karsinomlu Hastalarda Dolaşan Tümör DNA'sı. Literatürün Sistematik Bir İncelemesi
Nov 07, 2023
3.3. Tümör dokusuyla uyum
CtDNA analizinin potansiyel uygulamalarından biri, genetik heterojenliğin üstesinden gelme yeteneğidir. Genetik heterojenlik uzayda (mekansal) ve zamanda (zamansal) ortaya çıkar ve kanserin tedavisinde önemli bir zorluk oluşturur. Uzaysal heterojenite, primer tümörün bölgelerinde/alt klonlarında veya metastatik lezyonlarda genetik anormalliklerin varlığıdır. Primer tümörden alınan biyopsi dokusunda heterojenlik nedeniyle hedeflenebilir anormallikler mevcut değilse, bunlar tanımlanamayacak ve potansiyel olarak hastanın optimal olmayan tedavisine yol açacaktır. Zamansal heterojenlik, tümörün klonal evriminin bir sonucu olarak zamanla ortaya çıkar; bu, hastalığın sistemik tedavisine veya tümörün genomik instabilitesine bağlı seçici baskıdan kaynaklanabilir.
Smith ve arkadaşları [16], uzaysal olarak farklı on tümör dokusu örneğine sahip kapsamlı şekilde karakterize edilmiş bir hastada heterojenlik analizi gerçekleştirdiler ve on tümör bölgesinin dokuzundan bölgeye özgü mutasyonların plazmada tanımlandığını gözlemlediler, bu da ctDNA analizinin tümör heterojenliğinin üstesinden gelebileceğini gösterdi.
BÖBREK İÇİN SİSTANÇIN BİTKİSEL FORMÜLÜNÜ ALMAK İÇİN TIKLAYINIZ
CtDNA'nın genetik heterojenliğin üstesinden gelme potansiyel yeteneğini keşfetmenin bir başka yolu, bir plazma örneği ile aynı hastadan alınan tek bir doku biyopsisi arasındaki uyumu araştırmaktır. Bacon ve arkadaşları [23] bu yaklaşımı kullandılar ve mevcut tümör dokusu örnekleriyle dört ctDNA pozitif hastada %77'lik uyum buldular. Hahn ve arkadaşları [19] sadece %8,6'lık bir uyum buldular. Ancak bunun nedeni muhtemelen bu hasta grubundaki plazma örneklerinin, karşılık gelen tümör dokusu örneklerinden birkaç ay sonra (ortalama 22 ay, aralık 0-70) ve bazı zamanlarda primer tümörün cerrahi rezeksiyonundan sonra toplanmasıdır. Hastaların doku ve plazma numunesi toplanması arasındaki süreye göre sınıflandırılması, tümör dokusu ile plazma numunesi toplanması arasında 6 ay olan hastalarda konkor dansı oranını hafif bir şekilde %11,4'e yükseltti. Bu, tümörün zaman içindeki klonal evrimini gösterir; bu, tümör dokusu ile farklı zaman noktalarında toplanan plazma örnekleri arasındaki düşük uyumu açıklar. Bu hipotez, Pal ve ark.'nın [21] 13 hastaya birden fazla örnek üzerinde ctDNA analizi yaptırdığı, ikinci örneğin ilk örnekten sonra ortalama 157 gün (21-360 aralığında) elde edildiği çalışmadaki bulgularla desteklenmektedir. . Birinci ve ikinci numunelerde tespit edilen anormallikler arasındaki uyum, numune toplama arasındaki sürenin artmasıyla azalmıştır, bu da tümörün klonal evrimine işaret etmektedir.
3.4. Prognoz ve hastalık izleme
CtDNA analizinin potansiyel uygulamalarından biri, dört çalışmada araştırılan prognostik bilgi sağlama yeteneğidir. Jung ve diğerleri, Lin ve diğerleri ve Yamamoto ve diğerleri, RHK'nin çeşitli aşamalarına sahip hastalarda ctDNA tespitinin ya daha yüksek ölüm riskiyle [31] ya da daha kısa ilerlemesiz sağkalımla [22,30] önemli ölçüde ilişkili olduğunu bulmuşlardır. kansere özgü sağkalım [22] veya genel sağkalım [30]. Bacon ve arkadaşları [23], ctDNA-pozitif hastaların, ctDNA-negatif hastalarla karşılaştırıldığında birinci basamak tedavide genel sağkalımın ve ilerlemesiz sağkalım süresinin daha kısa olduğunu bulmuşlardır. Daha fazla çalışmaya ihtiyaç var, ancak bu bulgular ctDNA'nın prognostik bir biyobelirteç olma potansiyeline sahip olabileceğini gösteriyor.
CtDNA analizinin bir diğer potansiyel uygulaması, sistemik tedavi sırasında hastalığın izlenmesi ve hastaların takibidir. Dört çalışma [16,18,21,22] hastalardan boylamsal örnekleme gerçekleştirdi ve genel olarak ctDNA düzeyinin hastalığın klinik seyrine göre dalgalandığını buldu. Smith ve arkadaşları [16] 37 hastadan alınan 252 uzunlamasına numuneyi analiz etti. Tedaviye başlanmadan önce ctDNA seviyesinin arttığını, tedaviye yanıtla birlikte azaldığını ve hastalığın ilerlemesi veya tedaviye yanıt alınamamasıyla birlikte arttığını veya yüksek kaldığını gözlemlediler. Sırasıyla beş ve altı hastadan alınan uzunlamasına örneklerde ctDNA düzeylerini araştıran Lasseter ve arkadaşlarının [18] ve Yamamoto ve arkadaşlarının [22] çalışmaları, Smith ve arkadaşları tarafından bildirilen bulguları desteklemektedir. Dolayısıyla bu çalışmalar, ctDNA'nın potansiyel olarak tedaviye yanıtın ve hastalığın ilerlemesinin izlenmesi için uygun bir biyobelirteç olabileceği fikrini desteklemektedir.
3.5. Terapi hattı ve ctDNA
İki çalışma [21,24] ctDNA'daki genetik anormallikler üzerinde birinci basamak tedaviye karşı sonraki basamak tedavinin etkisini araştırdı. Pal ve arkadaşları [21], birinci basamak ve ikinci veya daha sonraki basamak sistemik tedavi alan hastalar arasında bulunan genetik değişikliklerdeki farklılıkları araştıran 220 hastayı içeren geniş bir çalışma gerçekleştirdiler. Birinci basamak tedavi alan hastalar için medyan VAF'nin %20 olduğunu ancak daha sonraki basamak tedavi alan hastalar için %24'e yükseldiğini buldular. Ayrıca, birinci basamak tedavi alan hastalar ile sonraki basamak tedaviyi alan hastalar arasında çeşitli genler için farklı mutasyon frekansları gözlemlediler. Zhang ve arkadaşları [24] ctDNA'daki genetik anormalliklerin sayısının alınan tedavi dizisi sayısıyla ilişkili olduğunu bulmuşlardır. İki çalışma, ctDNA'nın sistemik tedavi sırasında edinilen genetik anormalliklerin belirlenmesinde bir rolü olabileceğini ve potansiyel olarak terapötik direnç mekanizmalarını tanımlamanın bir yolunu sağlayabileceğini göstermektedir.
3.6. CtDNA tespit yöntemleri: hangisini seçmeli?
ctDNA genellikle sağlıklı hücrelerden salınan cfDNA'nın arka planında çok küçük miktarlarda bulunur. Düşük ctDNA seviyeleri, özellikle ctDNA seviyelerinin diğer kanserlerle karşılaştırıldığında genellikle düşük göründüğü RCC'de tespit için oldukça hassas yöntemler gerektirir. Bu nedenle yöntemlerin karşılaştırılması ve optimizasyonu büyük önem taşımaktadır.
Çalışmalardan ikisinde ctDNA tespiti için farklı yöntemler karşılaştırıldı. Smith ve arkadaşları [16] iki farklı RCC hasta grubuna üç yöntem uyguladılar; tümör rehberli analiz, hedeflenen panel dizilimi ve plazmanın global dizilimi. Tümör rehberli analizin en yüksek ctDNA tespit oranına sahip olduğunu, plazmanın global dizilişinin ise en düşük olduğunu buldular. Bu bulgu, tek bir RCC hasta kohortunda ctDNA tespiti için üç yöntem uygulayan Lasseter ve arkadaşlarının [18] yürüttüğü çalışma tarafından desteklenmektedir: global metilasyon analizi (cfMeDIP-seq), tümör kılavuzlu analiz ve hedeflenen panel sıralaması. plazma. cfMeDIP-seq'in en iyi performansı gösterdiğini ve tümör kılavuzlu analizin hedeflenen panel sıralamasından daha hassas olduğunu buldular. cfMeDIP-seq'in üstünlüğünün ileri sürülen bir nedeni, RCC'de epigenetik anormalliklerin genetik varyantlardan daha sık görülmesidir [34].
Çeşitli çalışmalar, RCC'de ctDNA analizinin duyarlılığının, daha kısa DNA fragmanları için zenginleştirme yapılarak artırılabileceğini göstermektedir. Mouliere ve arkadaşları [25] plazmanın WGS'sini gerçekleştirmiş ve çeşitli kanser türlerinde ctDNA tespit oranının 90 ila 150 bp arasındaki DNA fragmanlarının seçilmesiyle iyileştirildiğini bulmuşlardır; bu Smith ve arkadaşlarının [16] rapor ettiği sonuçlarla desteklenmektedir. sWGS ve tümör rehberli sıralama analizi kullanarak yaptıkları çalışma. Yamamoto ve arkadaşları [22], hedeflenen panel sıralamasından elde edilen verileri kullanarak cfDNA fragman uzunluğunu analiz etmiş ve mutasyonlu DNA fragmanlarının karşılık gelen mutasyona uğramamış fragmanlardan daha kısa olma eğiliminde olduğunu ve benzer şekilde, pozitif ctDNA analizine sahip hastaların daha yüksek oranda kısa ve kısa ctDNA'ya sahip olma eğiliminde olduğunu bulmuşlardır. uzun parçalar. Bu çalışmalardaki bulgular, çok düşük ctDNA seviyelerine sahip numuneler üzerinde pahalı analizlerden kaçınmak için parça boyutu analizinin, belirli seviyelerde ctDNA içeren numuneleri tanımlamak için de kullanılabileceğini göstermektedir.
Derlenen çalışmalardaki ctDNA tespit oranlarının neden %100'ün altında olduğuna dair pek çok olası açıklama var; bunun nedeni, tespit için kullanılan yöntemlerin duyarlılığı veya analizle ilgili diğer faktörler olabilir; örneğin, tanımlanan tümör mutasyonlarının subklonal olması ve tümörün yalnızca küçük bir kısmında mevcut olması gibi. Diğer olası nedenler arasında kanserin türü, tümörün anatomik konumu, ctDNA'nın kan yerine idrara salınmasına neden olması, tümör DNA'sının diğer tümörlere göre daha hızlı temizlenmesi veya böbrek tümörlerinin diğer tümörlere göre daha az DNA saçması sayılabilir. . Basit bir çözüm, daha büyük miktarda plazmadan DNA'nın analiz edilmesi olabilir. Ancak bu çoğu durumda analizin maliyetini orantılı olarak artıracaktır. Gelecekteki çalışmaların bu soruların bazılarına ışık tutacağını ve RCC'de ctDNA'yı tespit etme yeteneğini geliştireceğini umuyoruz.
4. Sonuçlar
RHK hastalarında ctDNA'yı araştıran çalışma sayısı hala azdır ve bu çalışmalara dahil edilen hasta sayısı sınırlıdır, ancak son birkaç yılda daha büyük çalışmalar ortaya çıkmıştır. Çalışmalar RCC'deki ctDNA seviyesinin düşük göründüğünü vurguluyor. Bununla birlikte, mRCC'li hastalar, lokalize hastalığı olan hastalara göre daha yüksek miktarda ctDNA'ya sahiptir. CtDNA tespiti için birden fazla yöntemin kullanıldığı çalışmalar, tümör rehberli analizin, rehbersiz yöntemlere kıyasla ctDNA tespit oranını iyileştirdiğini göstermektedir ve cfMeDIP-seq'in, RCC'de ctDNA tespiti için potansiyel olarak çok hassas bir yöntem olabileceğini öne sürmektedir. CtDNA analizinin RCC'deki potansiyel uygulamalarını belirlemek ve bu uygulamalara yönelik yöntemleri geliştirmek için daha fazla çalışmaya ihtiyaç vardır.
Referanslar
[1] Parkin DM, Bray F, Ferlay J, Pisani P. Küresel kanser istatistikleri, 2002. CA Cancer J Clin 2005;55(2):74–108.
[2] Ljungberg B, Albiges L, Bensalah K, ve diğerleri. EAU yönergeleri: renal hücreli karsinom 2020 V3-1. Arnhem, Hollanda: Avrupa Üroloji Derneği; 2020. https://uroweb.org/wp-content/ uploads/EAU-Guidelines-on-Renal-Cell-Carcinoma-2020V3.pdf.
[3] Çok Disiplinli Kanser Grupçusu. Renalselkarsinomer – patolog. https://www.dmcg.dk/siteassets/forside/kliniske retningslinjer/godkendte-kr/darenca/darenca_patologi_adm-godk_ jbh100919.pdf.
[4] Baldewijns MM, van Vlodrop IJH, Schouten LJ, Soetekouw PMMB, de Bruïne AP, van Engeland M. Böbrek hücreli kanserin genetiği ve epigenetiği. Biochim Biophys Acta 2008;1785:133–55.
[5] Ellinger J, von Rücker A, Bastian PJ, Müller SC. Dolaşan hücresiz serum DNA'sı: ürolojik maligniteler için yeni bir biyobelirteç olarak önemi. Urologe A 2010;49, 1131-2, 1134.
[6] Schwarzenbach H, Hoon DS, Pantel K. Kanser hastalarında biyobelirteçler olarak hücresiz nükleik asitler. Nat Rev Cancer 2011;11:426–37.
[7] Esposito A, Bardelli A, Criscitiello C, ve diğerleri. Katı tümörlü hastalarda tümör kaynaklı hücresiz DNA'nın izlenmesi: klinik perspektifler ve araştırma fırsatları. Kanser Tedavisi Rev 2014;40:648–55.
[8] Fleischhacker M, Schmidt B. Dolaşımdaki nükleik asitler (CNA'lar) ve kanser – bir araştırma. Biochim Biophys Acta 2007;1775:181–232. [9] de Martino M, Klatte T, Haitel A, Marberger M. Renal hücreli karsinomda serum hücresiz DNA: tanısal ve prognostik bir belirteç. Kanser 2012;118:82–90. [10] Kidess E, Jeffrey SS. Dolaşımdaki tümör hücreleri ve tümörden türetilmiş hücresiz DNA: tek hücre analizi çağında kanser bakımında rakipler mi yoksa ortaklar mı? Genom Med 2013;5:70.
Wecistanche Destek Hizmeti-Çin'deki en büyük cistanche ihracatçısı:
E-posta:wallence.suen@wecistanche.com
Whatsapp/Tel:+86 15292862950
Daha Fazla Özellik İçin Alışveriş Yapın Detaylar:
https://www.xjcistanche.com/cistanche-shop
