TEX yüzdesinin hastalığın şiddetiyle (Ek Şekil 6C) veya lupusa yatkın hayvanların yaşıyla (6) arttığı görünmese de, bu modellerde ve insan hastalarda hastalık şiddetiyle birlikte sızan T hücrelerinin toplam sayısı artar. Bu nedenle, bitkinliğin aşılabileceği bir nokta olabilir.artık hastalığı kontrol edemez. Önceki çalışma, periferik kan CD8 artı TEX imzası olan hastaların, bu imzaya sahip olmayanlara kıyasla alevlenme olasılığının daha düşük olduğunu öne sürdü (52). Bununla birlikte, hedef organ düzeyinde ne meydana geldiği önemli bir soru olmaya devam etmektedir ve gelecekteki çalışmalarda, bir biyopsideki tükenmiş hücrelerin oranının hastalık sonuçlarıyla ilişkilendirilip ilişkilendirilemeyeceğini belirlemek ilginç olacaktır.

İlgili araştırmalara göre cistanche, yüzyıllardır çeşitli hastalıkları tedavi etmek için kullanılan geleneksel bir Çin bitkisidir. Antiinflamatuar, anti-aging ve antioksidan özelliklere sahip olduğu bilimsel olarak kanıtlanmıştır. Yapılan araştırmalar, böbrek hastalığı olan hastalarda cistanche'nin faydalı olduğunu göstermiştir. Cistanche'nin aktif bileşenlerinin iltihaplanmayı azalttığı, böbrek fonksiyonunu iyileştirdiği ve bozulmuş böbrek hücrelerini eski haline getirdiği bilinmektedir. Bu nedenle, bir böbrek hastalığı tedavi planına sisteni entegre etmek, hastalara durumlarını yönetmede büyük faydalar sağlayabilir. Cistanche proteinüriyi azaltmaya yardımcı olur, BUN ve kreatinin düzeylerini düşürür ve daha fazla böbrek hasarı riskini azaltır. Ayrıca cistanche, böbrek hastalığı olan hastalar için tehlikeli olabilecek kolesterol ve trigliserit düzeylerini düşürmeye de yardımcı olur.

Cistanche Tubulosa Eki'ne tıklayın

【Daha fazla bilgi için: david.deng@wecistanche.com / WhatApp:86 13632399501】

Bu potansiyel olarak zarar verici hücre tiplerinin ve olaylarının her birinin böbrek tarafından inhibe edildiği mekanizmaları ve mevcut ve yeni tedavilerin bunları nasıl etkileyebileceğini belirlemek önemli olacaktır. Bu çalışmanın bize ve diğerlerine bu değişen T-hücresi popülasyonlarını daha spesifik olarak hedeflememize ve böylece yeni terapötik yollar açmamıza izin vereceği umulmaktadır.

Yöntemler

Hayvanlar. C57BL/6 fareleri, Jackson Laboratuvarı'ndan satın alındı. MRL/lpr fareleri ilk olarak Jackson Laboratuvarından temin edildi ve laboratuvarımızda muhafaza edildi. Fc R2B–/–.Yaa fareleri, Silvia Bolland'dan (Ulusal Allerji ve Bulaşıcı Hastalıklar Enstitüsü, NIH, Rockville, Maryland, ABD) elde edildi ve laboratuvarımızda muhafaza edildi. Ek Tablo 2'de belgelendiği gibi fareler yaşlandırıldı ve proteinüri kurban edilmeden önce ölçüldü.

Böbrek ve dalaktan T hücrelerinin izolasyonu. T hücreleri daha önce tarif edildiği gibi izole edildi (6). Kısaca, kurban edildikten sonra dalaklar çıkarıldı ve karaciğer ve böbreğin tamamen beyazlaması gerçekleşene kadar hayvanlara 40 mL HBSS ile perfüze edildi. KIT'ler, 37 derecede 30 dakika boyunca 1600 Kunitz ünitesi/mL kollajenaz D (Roche Diagnostics) ve 0.2 mg/mL DNAz IV (MilliporeSigma) varlığında Octodissociator (Miltenyi Biotec) kullanılarak izole edildi. RBC lizisi gerçekleştirildi ve hücreler bir hücre süzgecinden (100 uM naylon; Falcon, Corning) süzüldü. Splenositler, 2 buzlu cam slayt arasında mekanik ayrışma kullanılarak izole edildi ve RBC lizizinden sonra 70 um'lik bir gözenekli filtreden süzüldü.

Hücreler daha önce tarif edildiği gibi (6) aşağıdaki panel ile boyandı: anti-CD8 (Lyt-2/TIB-105, Pac-Blue, şirket içinde üretildi), anti-CD4 (GK{{9) }}.5, PE içinde, BioLegend'den satın alınmıştır) ve MRL/lpr fareleri veya anti-CD90.2 (Thy1.2/30H12) için anti-CD90.2 (Thy1.2/30H12, Al488, şirket içinde üretilmiştir) , Al647, şirket içinde üretilmiştir) Fc R2B–/– için.Yaa Ghost BV510 (Tonbo) ölü hücreleri dışlamak için kullanıldı. Tüm "kurum içi" antikorlar için hibridoma klonları ticari olarak temin edilebilir ve antikorlar tarif edildiği gibi saflaştırıldı (6).

T hücreleri, bir FACSAria (BD Biosciences) kullanılarak sıralandı. Sıralamadan sonra hücreler, PBS içinde yüzde 2 BSA ile iki kez yıkandı. Daha sonra, sınıflandırılan numunelerin her birine 1:50 dilüsyonda anti-CD45 HTO reaktifleri eklendi. Anti-CD45 TotalSeq-A0096 30-F11 (BioLegend), Main-Seq grubu için ve TotalSeq-C0096 30-F11 (BioLegend), her iki TCR-Seq grubu için kullanıldı. HTO boyamasından sonra hücreler, PBS içinde yüzde 2 BSA içinde iki kez yıkandı.

Kütüphane hazırlığı ve T hücrelerinin RNA-Seq'i. Hücreler sayıldı ve üreticinin talimatlarına göre 10x Genomics Chromium sistemine yüklendi. Gen ekspresyonu, TCR ve antikor hashtag/özellik barkod kitaplıkları oluşturuldu, bunların kalitesi Agilent TapeStation High Sensitivity D5000 Screentape aracılığıyla değerlendirildi ve miktarları, Illumina Platformları için KAPA Library Quantification Kit ile belirlendi. Main-Seq grubu için 3PrimeV2 kitaplığı kullanıldı; özellik barkod kitaplığı, New York Genome Center protokolüne (56) göre oluşturulmuştur. TCR-Seq kohortları için 5PrimeV1 kitaplıkları, 10x Genomics'ten elde edildi. Hashtagging için üreticinin "özellik barkodu" talimatlarını takip ettik. Kitaplıklar bir NovaSeq (Illumina Biosciences) üzerinde toplandı ve sıralandı. FASTQ dosyaları oluşturuldu ve gen-hücre ve hücre-antikor sayım matrisini üretmek için Cell Ranger 5.0.0 (10x Genomics) ile mm10 fare referans genomuna hizalandı.

scRNA-Seq veri işleme. Her numuneden alınan 10x ham verinin çoğullaması çözüldü ve FASTQ dosyaları, "hızlı" Cell Ranger boru hattı (v5.0.0, 10) kullanılarak oluşturuldu. x Genomik). Okumaları mm10 referans genomuna hizalamak için Cell Ranger "sayı" kullanıldı ve mRNA transkripti ve HTO benzersiz moleküler tanımlayıcı (UMI) miktar belirleme tabloları üretildi. Cell Ranger işlem hattından oluşturulan ham barkod matris dosyaları, R'de (v3.4.3) Seurat paketi (v4.0.0) (12) kullanılarak aşağı akış analizi için daha fazla kullanıldı.

İlk kalite kontrol ve işleme. 200'den az gen ifade eden veya mitokondriyal DNA'ya eşlenen UMI'lerin yüzde 10'undan fazlasını içeren hücreler filtrelendi. HTO tabloları veri kümesine eklendi ve "NormalizeData" işlevi kullanılarak bir ortalanmış log oranı yöntemiyle normalleştirildi. Normalleştirilmiş HTO sayımı, Seurat "MULTIseqDemux" işlevi ve hücrelerin manuel olarak incelenmesi kullanılarak emülsiyon içinde her bir jel boncukunun tek bir hücre içerip içermediğini belirlemek için kullanıldı; o hücredeki toplam HTO ifadesinin yüzde 70'inden fazlası; aksi takdirde hücre bir ikili olarak kabul edildi ve çıkarıldı. Her hücre için gen ifadesi değerleri, "NormalizeData" işlevi kullanılarak log2 -normalleştirildi; burada bir genin ifadesi, o hücredeki tüm genlerin toplam ifadesine göre normalleştirildi ve 10 kat ölçeklendi,{{8 }} UMI, mitokondriyal içerik ve hemoglobulin geni ve ribozomal gen içeriği puanları, Seurat'ın "ScaleData" işlevi kullanılarak "geri çekildi".

Boyut indirgeme ve kümeleme. Değişken genler, gen başına ortalama ifadeyi ve dağılımı (log[varyans/ortalama]) hesaplayan ve ardından verileri 20 bölmede gruplandıran varsayılan kesime sahip "FindVariableFeatures" işlevinde "mean.var.plot" yöntemi kullanılarak tespit edildi. ortalama ifadelerine dayanmaktadır. Değişken genler daha sonra her kutu içindeki z-puanlı dağılıma göre seçildi. Bu değişken genler, "RunPCA" işlevi kullanılarak temel bileşen analizine (PCA) dayalı olarak boyut azaltma için kullanıldı. İlk 50 ana bileşeni değerlendirmek için "ElbowPlot" kullanıldı ve verilerdeki en büyük değişkenliği açıklayan ana bileşenler, daha fazla UMAP boyutsal indirgeme ve kümeleme analizi için seçildi.

Farklı hücre gruplarını belirlemek için, tüm hücrelerdeki değişken gen ifadesine göre k-en yakın komşuları hesaplayan ve böylece Louvain algoritmasını kullanarak paylaşılan bir en yakın komşu grafiği oluşturan "FindClusters" işlevi kullanılarak denetimsiz kümeleme gerçekleştirildi. Aşırı kümelemeyi önlemek için 0,1'lik artışlarla 0,1 ila 2 arasında değişen farklı çözünürlük ("res") parametrelerini test ettik ve kümeleme ilerlemesi "Küme" kullanılarak değerlendirildi ve görselleştirildi " (v 0.4.3) (57). Optimum çözünürlük, kümeler arasında artan çaprazlama ile gözlemlendiği gibi "kümelemeden" önce devam eden ayırmaya dayalı olarak belirlendi. Daha sonra düşük çözünürlüklü kümeleme, bütün bir kohort içindeki tüm hücrelerin analizi olarak tanımlanırken, yüksek çözünürlüklü kümeleme, önceden seçilmiş bir alt popülasyonda, yani CD4 plus, CD8 plus veya önceden düşük çözünürlüğümüzde tanımlanan Treg hücreleri üzerinde kümeleme olarak tanımlandı. analiz. Bu gözlemlere dayanarak, Main-Seq, CD4 plus için sırasıyla 0.9, 1.4, {{20}}.6 ve 0.9 çözünürlüklerini seçtik, CD4 artı Treg alt ve kohort 1'den CD8 plus ve birleştirilmiş kohort CD8 artı T hücreleri için çözünürlük 0.7. Hücre kümeleri, UMAP boyutsal indirgeme grafikleri kullanılarak görselleştirildi.

Varsayılan ayarlara sahip "FindAllMarkers" işlevi, hücrelerin minimum yüzde 10'inde tespit edilen genlerle Wilcoxon sıra toplamı testi kullanılarak, diğer tüm kümelerle karşılaştırıldığında her bir kümedeki DEG'leri bulmak için kullanıldı. 0,25 ortalama günlük katlama değişikliği ve minimum 0,01 Bonferroni ayarlı P değeri.

Uyum analizi. Şekil 8'deki birleşik UMAP için, bağımsız olarak çalıştırılan 3 kohort, varsayılan parametre ayarlarıyla Harmony (58) kullanılarak birleştirildi.

Hücre döngüsü değerlendirmesi. Seurat'taki "CellCycleScoring" işlevi, daha önce açıklanan puanlama stratejisi kullanılarak her bir hücrede G1, G2/M ve S fazı işaretleyici ekspresyon skorunu hesaplamak için kullanıldı (59). G1, G2/M veya S fazında olduğu belirlenen hücre sayısı küme bazında hesaplandı ve genel dağılımdan sapma χ2 analizi ile değerlendirildi.

GSEA ve ifade eşlemesi. GSEA için P değerleri, Ek Tablo 1'de tanımlandığı gibi yayınlanan gen seti imzaları için Wilcoxon testi kullanılarak belirlendi. Seurat'ta "ggplot2" kullanılarak, –log10 P değerleri UMAP'lere çizildi.

Ek analitik. Çubuk grafikler, nokta grafikler ve PCA grafikleri, R'de ggplot2 kullanılarak oluşturulmuştur. Isı haritaları, R'deki "ısı haritası" işlevi kullanılarak oluşturulmuştur.

TCR veri analizi. TCR verileri, TCR ve zincirleri birleştirmek ve klonotipleri belirlemek için {{0}} refdata-cellranger-vdj-GRCm38-alts-ensembl-3.1.0 referansı ile cell ranger vdj kullanılarak işlendi . 1 üretken TCR'ye ( ve ) sahip hücreler daha fazla analiz için tutulurken, üretken olmayan TCR zincirleri hariç tutuldu. Klonal T hücreleri, nükleotid seviyesinde özdeş CDR3 sekansları ile paylaşılan TCR- ve - reseptörlerini eksprese eden hücreler olarak tanımlandı.

Sözde zaman yörünge analizi. CD4 artı T hücresi farklılaşmasını modellemek için Monocle 3 (sürüm 0.1.3) kullanılarak Seurat ile işlenmiş gen sayımlarını kullanan yörünge analizi yapıldı. Boyutsallığı azaltmak için ters grafik gömme yöntemi DDRTree kullanıldı, hücreler "orderCells" işlevi kullanılarak bir yörünge boyunca sıralandı ve yörünge, indirgenmiş boyutlu uzayda görselleştirildi.

CD8 artı T hücresi farklılaşmasını modellemek için, B6/naive küme olarak ayarlanmış "start.clubs" ile Slingshot kullandık. Hücreler, Slingshot sözde zamanına göre sıralandı ve kümenin yörüngesini yansıtmak için Seurat kümeleri olarak gruplandı. Sapan yörünge soy sonucu, CD8 artı hücre Seurat UMAP üzerinde çizildi.

TF düzenleyici ağ analizi. SCENIC v.1.1.2 iş akışı, önceki bir çalışmaya (60) göre Seurat tarafından işlenen sayım ve kümeleri kullanan regulonları tanımlamak için R'de kullanıldı. Isı haritaları daha sonra yukarıda açıklandığı gibi oluşturuldu.

Histolojik puanlama. Böbrek histolojisi hazırlama ve skorlama daha önce tanımlandığı gibi yapıldı (61).

Veri ve malzeme mevcudiyeti. Tüm analizler ve görselleştirmeler R'de gerçekleştirilmiştir. Yayınlanmış Seurat programlarını kullanan belirli metodoloji ve analizler, Yöntemler bölümünde ayrıntılı olarak açıklanmıştır. Küme tanımlaması gibi veriler, meta veriler ve analiz çıktıları, Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi'nin Gen İfadesi Omnibus'unda (GSE197339) depolanır.

İstatistik. İstatistikler, analize özgü bölümlerde belirtildiği gibi R'de veya çoklu karşılaştırmalar için Tukey testiyle 1-way ANOVA, tekrarlanan ölçümlerle 2-way ANOVA veya şekil açıklamalarında tanımlandığı gibi χ2 analizi ile GraphPad Prism'de hesaplandı, *P < 0.05, **P < 0.{{10}}1, ***P < 0.001 olarak gösterilen P değerleri ile, ****P < 0.0001. P < 0.05 istatistiksel olarak anlamlı kabul edildi.

Çalışma onayı. Tüm çalışmalar, Pittsburgh Üniversitesi veya Yale Üniversitesi Kurumsal Hayvan Bakım ve Kullanım Komitesi tarafından onaylandı.

Yazar Katkıları

JST ve MJS çalışmayı tasarladı. SS, MC, JST ve MJS metodoloji geliştirdi. JST ve SS araştırıldı. JST ve SS verileri görselleştirdi. JST ve MJS fon aldı. JST ve MJS proje yönetimi sağladı. JST ve MJS denetim sağladı. JST ve MJS orijinal taslağı yazdı. JST, MJS, SS ve MC taslağı inceledi ve düzenledi.

teşekkürler

Minjung Kim'e laboratuvardaki yorulmak bilmez çabaları ve bu çalışmanın başarılmasına izin verdiği için teşekkür etmek istiyoruz ve Kevin Nickerson, Rachael Gordon ve Peter Lipsky'nin projeye ilişkin eleştirel görüşlerini ve Fadi Lakkis ve Warren'ın bu çalışmanın eleştirel incelemesini kabul ediyoruz. Şlomçik. Ek olarak, Pittsburgh Üniversitesi Tek Hücre Çekirdeği'ne ve özellikle kütüphane hazırlığının ve 10x Genomics teknolojisinin tamamlanmasına yardımcı olan Tracy Tabib'e teşekkür ederiz.

Finansman, Lupus Research Alliance, Novel Research Grant (JST'ye) tarafından sağlandı; NIH/Ulusal Artrit ve Kas-iskelet ve Cilt Hastalıkları Enstitüsü, K08AR075056'yı (JST'ye) verir; ve NIH/Ulusal Alerji ve Bulaşıcı Hastalıklar Enstitüsü, R01 AI137132'yi (MJS'ye) verir.

Adres yazışmaları:Jeremy S. Tilstra, 3500 Terrace Street, BST S705A, Pittsburgh, Pensilvanya 15261, ABD. Telefon: 412.383.8861; Veya Mark J. Shlomchik'e, W1052 Biomedical Science Tower, 200 Lothrop Street, Pittsburgh, Pensilvanya 15261, ABD. Telefon: 412.648.8771.

1. Hope HC, Salmond RJ. Etkili kanser immünoterapisi için tümör mikroçevresini ve T hücre metabolizmasını hedefleme. Eur J Immunol. 2019;49(8):1147–1152.

2. Jiang Y ve ark. Tümör mikro ortamındaki T hücresi tükenmesi. Hücre Ölüm Dis. 2015;6:e1792.

3. Scharping NE ve ark. Hipoksi altında sürekli stimülasyonla indüklenen mitokondriyal stres, hızla T hücresi tükenmesine neden olur. Nat İmmünol. 2021;22(2):205–215.

4. Clark MR, et al. İnsan lupus nefritinde tubulointerstisyel inflamasyonun patogenezi ve terapötik etkileri. Semin Nefrol. 2015;35(5):455–464.

5. Hsieh C, et al. Tubulointerstisyel inflamasyon ve yara izi olan lupus nefritinin sonuçlarını tahmin etmek. Artrit Bakımı Res (Hoboken). 2011;63(6):865–874.

6. Tilstra JS ve ark. Murin lupus nefritinde böbreğe sızan T hücreleri metabolik ve fonksiyonel olarak tükenmiştir. J Clin Invest. 2018;128(11):4884–4897.

7. Schmitz JE, et al. Simian immün yetmezlik virüsü enfeksiyonunda vireminin CD8 artı lenfositlerle kontrolü. Bilim. 1999;283(5403):857–860.

8. Paley MA, et al. CD8 artı T hücrelerinin progenitör ve terminal alt kümeleri, kronik viral enfeksiyonu kontrol altına almak için işbirliği yapar. Bilim. 2012;338(6111):1220–1225.

9. Lanata CM ve ark. Sistemik lupus eritematozus alt tipine çok etnik gruptan oluşan bir kohortta fenotipik ve genomik bir yaklaşım. Nat Komün. 2019;10(1):3902.

10. Peterson KS ve ark. Lazerle yakalanan glomerüllerin transkripsiyonel profillerinden lupus nefritinin moleküler patogenezindeki heterojenliğin karakterizasyonu. J Clin Invest. 2004;113(12):1722–1733.

11. Arazi A ve ark. Lupus nefriti olan hastaların böbreklerindeki bağışıklık hücresi manzarası. Nat İmmünol. 2019;20(7):902–914.

12. Butler A ve ark. Tek hücreli transkriptomik verileri farklı koşullar, teknolojiler ve türler arasında entegre etme. Nat Biyoteknoloji. 2018;36(5):411–420.

13. Hashimoto K ve ark. Tek hücreli transkriptomikler, süper asırlıklarda sitotoksik CD4 T hücrelerinin genişlemesini ortaya koymaktadır. Proc Natl Acad Sci US A. 2019;116(48):24242–24251.

14. Şarkıcı M, ve diğerleri. Tümöre sızan T hücrelerinde aktivasyondan ayrı işlev bozukluğu için ayrı bir gen modülü. Hücre. 2016;166(6):1500–1511.

15. Stubbington MJ, et al. Fare CD4(artı) T hücresi transkriptomlarının bir atlası. Biyo Direkt. 2015;10:14.

16. Tibbitt CA, et al. Ev tozu akarlarına karşı T yardımcı hücre yanıtının tek hücreli RNA dizilimi, solunum yolu Th2 hücrelerinde belirgin bir gen ifade imzasını tanımlar. Bağışıklık. 2019;51(1):169–184.

17. Mackay LK ve ark. CD103( artı )CD8 artı derinin dokuda yerleşik bellek T hücreleri için gelişimsel yol. Nat İmmünol. 2013;14(12):1294–1301.

18. Chen PM, et al. Böbrek dokusu hipoksisi, murin lupus nefritinde T hücresi aracılı hasarı belirler. Sci Transl Med. 2020;12(538):eaay1620.

19. Aubert N, et al. Düzenleyici bir T hücrelerinin moleküler meta-imzasının karakterizasyonu, pro-enkefalin genini farelerde [baskı öncesi] yeni bir belirteç olarak tanımlar. 6 Mart 2020'de bioRxiv'de yayınlandı.

20. Dr. Martin, Badovinac Başkan Yardımcısı. Bellek CD8 T hücresini tanımlama. Ön Bağışıklık. 2018;9:2692.

21. Willinger T ve ark. Moleküler imzalar, insan merkezi hafızasını efektör hafıza CD8 T hücresi alt kümelerinden ayırır. J İmmunol. 2005;175(9):5895–5903.

22. Ahrends T, et al. CD4 artı T hücresi yardımı, doğuştan gelen ve yardımdan bağımsız hatırlama kapasiteleri ile bellek CD8 artı T hücreleri oluşturur. Nat Komün. 2019;10(1):5531.

23. Yusuf I, et al. Germinal merkez T foliküler yardımcı hücre IL-4 üretimi, sinyal veren lenfositik aktivasyon molekülü reseptörüne (CD150) bağlıdır. J İmmunol. 2010;185(1):190–202.

24. Luzina IG, et al. Otoimmün farelerde germinal merkezlerin kendiliğinden oluşumu. J Leukoc Biol. 2001;70(4):578–584.

25. Blaszczyk K, et al. STAT2'nin yapıcı ve IFN kaynaklı transkripsiyon ve antiviral tepkilerdeki benzersiz rolü. Sitokin Büyüme Faktörü Rev. 2016;29:71–81.

26. Swarnalekha N, et al. T'de ikamet eden yardımcı hücreler, akciğerde hümoral tepkileri teşvik eder. Sci Immunol. 2021;6(55):eabb6808.

27. Hayward SL, et al. Çevresel ipuçları, hava yolunda yerleşik bellek CD8 artı T hücrelerinin epigenetik yeniden programlanmasını düzenler. Nat İmmünol. 2020;21(3):309–320.

28. Sacher AG, et al. Mesane kanserinde sitotoksik CD4 artı T hücreleri-öldürmek için yeni bir lisans. Kanser hücresi. 2020;38(1):28–30.

29. Maehara T ve ark. Sitotoksik CD4 artı T lenfositleri, sistemik sklerozda endotel hücre apoptozunu indükleyebilir. J Clin Invest. 2020;130(5):2451–2464.

30. Miragaia RJ, et al. Düzenleyici T hücrelerinin tek hücreli transkriptomikleri, doku adaptasyonunun yörüngelerini ortaya koymaktadır. Bağışıklık. 2019;50(2):493–504.

31. Doering TA, et al. Ağ analizi, CD8 artı T hücresi tükenmesine karşı belleğe dahil olan merkezi olarak bağlı genleri ve yolları ortaya çıkarır. Bağışıklık. 2012;37(6):1130–1144.

32. Li J, et al. Yüksek ev seviyeleri, anti-tümör CD8 artı T hücrelerinin tükenmesini teşvik eder. Ön Bağışıklık. 2018;9:2981.

33. Seo H, et al. TOX ve TOX2 transkripsiyon faktörleri, CD8 artı T hücresi tükenmesini empoze etmek için NR4A transkripsiyon faktörleriyle işbirliği yapar. Proc Natl Acad Sci US A. 2019;116(25):12410–12415.

34. Li H, et al. İşlevsiz CD8 T hücreleri, insan melanomu içinde proliferatif, dinamik olarak düzenlenmiş bir bölme oluşturur. Hücre. 2020;181(3):747.

35. Celhar T, Fairhurst AM. Klinik sistemik lupus eritematozusun modellenmesi: benzerlikler, farklılıklar ve başarı öyküleri. Romatoloji (Oxford). 2017;56(ek 1):i88–i99.

36. Massengill SF, et al. SLE nefriti intrarenal T hücrelerinin oligoklonal genişlemesi ile ilişkilidir. Ben J Böbrek Dis. 1998;31(3):418–426.

37. Winchester R, et al. İntrarenal T hücrelerinin immünolojik özellikleri: ilerleyici lupus nefritinde genişletilmiş CD8 artı T hücre zinciri klonotiplerinin ticareti. Artrit Rheum. 2012;64(5):1589–1600.

38. Murata H, et al. Lupus nefriti olan hastaların böbreklerindeki T hücrelerinin T hücresi reseptör repertuarı. Artrit Rheum. 2002;46(8):2141–2147.

39. Yost KE, et al. PD-1 blokajının ardından tümöre özgü T hücrelerinin klonal değişimi. Nat Med. 2019;25(8):1251–1259.

40. Collier JL, et al. Spektrumun çok da zıt olmayan uçları: kronik bir enfeksiyon, kanser ve otoimmünite genelinde CD8 artı T hücresi disfonksiyonu. Nat İmmünol. 2021;22(7):809–819.

41. Chang A, et al. Lupus nefritinin patogenezinin hücresel yönleri. Curr Opin Rheumatol. 2021;33(2):197–204.

42. Kiner E, et al. Bağırsak CD4 artı T hücresi fenotipleri, TH arketipleri tarafından değil, mikroplar tarafından şekillendirilen bir sürekliliktir. Nat İmmünol. 2021;22(2):216–228.

43. Peine M, et al. Stabil T-bet( plus )GATA-3( plus ) Th1/Th2 hibrit hücreleri in vivo olarak ortaya çıkar, doğrudan saf öncüllerden gelişebilir ve immünopatolojik enflamasyonu sınırlar. PLoS Biol. 2013;11(8):e1001633.

44. Huang S. Hibrit T-yardımcı hücreler: polarize bir sistemde ılımlı merkezi stabilize etmek. PLoS Biol. 2013;11(8):e1001632.

45. Scharping NE, et al. Tümör mikro ortamı, intratumoral T hücresi metabolik yetmezliğini ve işlev bozukluğunu yönlendirmek için T hücresi mitokondriyal biyogenezini baskılar. Bağışıklık. 2016;45(3):701–703.

46. ​​Scharping NE, et al. Hipoksi altında sürekli stimülasyonla indüklenen mitokondriyal stres, hızla T hücresi tükenmesine neden olur. Nat İmmünol. 2021;22(2):205–215.

47. Acharya N, et al. Endojen glukokortikoid sinyali, CD8 artı T hücresi farklılaşmasını ve tümör mikroçevresinde işlev bozukluğu gelişimini düzenler. Bağışıklık. 2020;53(3):658–671.

48. Mohan C, et al. Lupus patogenezinin genetik diseksiyonu: nekrofilik otoantikorlar için bir tarif. J Clin Invest. 1999;103(12):1685–1695.

49. Hedrich CM, et al. cAMP yanıt elemanı modülatörü, lupusta CD4 soy taahhüdü ve alt küme dağılımı sırasında IL2 ve IL17A ifadesini kontrol eder. Proc Natl Acad Sci US A. 2012;109(41):16606–16611.

50. ElTanbouly MA, et al. VISTA, saf T hücresi sessizliği ve periferik tolerans için bir kontrol noktası düzenleyicisidir. Bilim. 2020;367(6475):eaay0524.

51. Zarour HM. Kanserde T-hücre disfonksiyonunu ve bitkinliğini tersine çevirmek. Klinik Kanser Arş. 2016;22(8):1856–1864.

52. McKinney EF, et al. Otoimmünite ve enfeksiyonda T hücresi tükenmesi, ko-stimülasyon ve klinik sonuç. Doğa. 2015;523(7562):612–616.

53. Maxwell R, et al. Kortikosteroidlerin, merkezi sinir sistemi içinde veya dışında yer alan tümör histolojileri için anti-PD-1 immünoterapi etkinliği üzerindeki zıt etkisi. Onkoimmünoloji. 2018;7(12):e1500108.

54. Flint TR, et al. Tümör kaynaklı IL-6, anti-tümör bağışıklığını bastırmak için konakçı metabolizmasını yeniden programlar. Hücre Metab. 2016;24(5):672–684.

55. Hanoteau A, et al. Siklofosfamid tedavisi, işlevsel/tükenmiş tümöre özgü CD8 artı T hücrelerinin dengesini düzenler. Onkoimmünoloji. 2017;6(8):e1318234.

56. Stoeckius M, et al. Barkodlu antikorlarla Hücre Karma, tek hücreli genomikler için çoğullama ve çift tespit sağlar. Genom Biol. 2018;19(1):224.

57. Zappia L, Oshlack A. Kümeleme ağaçları: çoklu çözünürlüklerde kümelemeleri değerlendirmek için bir görselleştirme. Gigasbilim. 2018;7(7):giy083.

58. Korsunsky I, et al. Tek hücreli verilerin Harmony ile hızlı, hassas ve doğru entegrasyonu. Nat Yöntemleri. 2019;16(12):1289–1296.

59. Tirosh I, et al. Tek hücreli RNA-seq ile metastatik melanomun çok hücreli ekosisteminin incelenmesi. Bilim. 2016;352(6282):189–196.

60. Aibar S, et al. SCENIC: tek hücreli düzenleyici ağ çıkarımı ve kümeleme. Nat Yöntemleri. 2017;14(11):1083–1086.

61. Tilstra JS, et al. B hücresi içsel TLR9 ekspresyonu murin lupusta koruyucudur. J Clin Invest. 2020;130(6):3172–3187.

【Daha fazla bilgi için: david.deng@wecistanche.com / WhatApp:86 13632399501】