Farklı Lupus Nefrit Sınıflarında İmmün Gen Ekspresyonu ve Fonksiyonel Ağlar Ⅱ
Nov 08, 2023
SONUÇLAR
Kohortun karakterizasyonu
ArşivlenenlerimizdenFFPE böbrek biyopsileriAnaliz için yeterli doku içeren 55 LN biyopsisi belirledik. Biyopsiler kadın hastalardan alınmıştı ve sınıf III (n=11), sınıf IV (n=23) ve sınıf V (n=21) LN biyopsilerinden oluşuyordu. Yalnızca aktif lezyonları olan Sınıf III ve IV LN biyopsileri dahil edildi (yani A veya A/C, ancak C değil). Kontrol olarak TBM hastalığını (n=14) kullandık. Ayrıca ışık mikroskobunda açık histolojik benzerlikler ancak farklı etiyolojiler nedeniyle sınıf V LN'yi MN (n=9) ile karşılaştırdık. Demografik, klinik ve biyopsi verileri Tablo 1'de gösterilmektedir. Biyopsi yaşları 1 yaş altı ile 11 yaş üstü arasında değişmektedir. Aktif glomerüler lezyonlar, glomerüler hilaller ve nekroz sınıf III ve IV'te mevcuttu ancak sınıf V LN biyopsilerinde yoktu. Glomerüler tromboz yalnızca bir sınıf III biyopside tanımlandı. Sınıf III (%91), sınıf IV (%78) ve sınıf V (%81) biyopsilerin çoğunda tübüler parçacıklar (TRI'ler) tanımlandı. IFTA tüm sınıflarda düşüktü.Serum kreatininve idrar proteini:kreatininoran, sınıf III veya sınıf V LN ile karşılaştırıldığında sınıf IV'te daha yüksekti (tablo 1, çevrimiçi ek şekil 1A ve B). Serum albümini TBM'ye göre tüm sınıflarda azaldı (tablo 1, çevrimiçi ek şekil 1B). Komplemanlar C3 ve C4, sınıf V LN'ye kıyasla hem sınıf III hem de sınıf IV'te önemli ölçüde azaldı (tablo 1, çevrimiçi ek şekil 1C).
BÖBREK İÇİN SİSTANÇIN BİTKİSEL FORMÜLÜNÜ ALMAK İÇİN TIKLAYINIZ
LN böbrek biyopsilerinde immün gen ekspresyon analizi
İlk önce tüm LN sınıfları ve TBM numuneleri arasındaki gen ekspresyonunu karşılaştırdık ve diferansiyel olarak eksprese edilen 171 (159 artmış ve 12 azalmış) gen tanımladık (şekil 1A, çevrimiçi ek veri S3). Yol analizleri, JAK-STAT sinyallemesi, kompleman kademesi, MHC II, İntegrin bağlanması, NF-κB ve apoptoz yollarına ek olarak tip I IFN sinyallemesinin kontrollere göre LN'de oldukça zengin olduğunu gösterdi (şekil 1B, çevrimiçi ek veriler S4 ve S5). Büyük veya eşit 1 (n=49) veya Küçük veya eşit −0,5 (n=5) üzeri log2 kat değişimi (FC) olan transkriptleri kullanan hiyerarşik kümeleme kohortun tamamı üç ana kümeyi ortaya çıkardı (şekil 1C). Şekil 1C'de soldan sağa, grup 1 yalnızca LN örneklerini (n=16) içeriyordu, grup 2 ise TBM örneklerinden biri hariç tümünü içeriyordu (n=13TBM, n=3LN) ve grup 3 LN baskındı (n=36LN'ye karşı n=1TBM). Bildirildiği gibi16 moleküler kümeler ile histolojik LN sınıfları arasında açık bir ilişki yoktu (şekil 1C).
Sınıf V LN ve idiyopatik MN'nin karşılaştırılması
Sınıf V LN'deki histolojik lezyon yaygın membranöz bir lezyondur.glomerülopatiidiyopatik MN ile benzerlikler taşır. Sınıf V LN'yi MN örnekleriyle karşılaştırdığımızda, diferansiyel olarak eksprese edilen 26 (23 daha yüksek ve 3 daha düşük ekspresyon) gen vardı (şekil 2A, çevrimiçi ek veri S6). En üst zenginleştirme terimi tip I IFN sinyallemesiydi (şekil 2B, çevrimiçi ek veriler S4 ve S7). 67 tip I IFN ile ilişkili genden oluşan bir çekirdek seti, SLE'deki lökosit alt grupları (nötrofiller, CD4 ve CD8 pozitif T hücreleri, monositler) boyunca yukarı doğru düzenlenir.24 Panelimiz, bu genlerden 17'sini ve daha yüksek değerlere sahip 23 transkriptten 13'ünü hedef alan problar içeriyordu. ifadenin bu çekirdek setin bir parçası olması, tip I IFN imzasının sınıf V LN ve MN arasında önemli bir moleküler ayrım olduğunu gösterir.
Şekil 1 LN'de DGE'nin TBM hastalığıyla karşılaştırılması. (A) LN'nin DGE'sini (n=55 biyopsi) ve TBM hastalığını (n=14 biyopsi) gösteren volkan grafiği. Benjamini-Hochberg p=0.05 ve log2 FC kesme değerini=0.5'i ayarladı. (B) LN ve TBM arasındaki 171 önemli diferansiyel olarak ifade edilen genin tümü için STRING etkileşim ağı (en yüksek güven puanı=0.9). Kırmızı düğümler — tip I IFN; mavi düğümler — tamamlayıcı çağlayan; pembe düğümler —MHC II; sarı düğümler—JAK-STAT sinyali; mor düğümler — integrin bağlanması; açık yeşil düğümler — NF-κB+TIR alanı; koyu yeşil düğümler — NF-κB ve apoptoz modülasyonu. (C) Log2 FC'si 1'den büyük veya eşit (n=49) olan tüm önemli ölçüde artan diferansiyel olarak ifade edilen transkriptlerin ve log2 FC'si −0,5'ten küçük veya eşit (n=5) olan tüm önemli ölçüde aşağı regüle edilmiş transkriptlerin ısı haritası ) tüm kohortta (LN n{=55 biyopsi, MN n=9 biyopsi, TBM n{=14 biyopsi) LN ve TBM'de belirlendi. DGE, diferansiyel gen ifadesi; FC, kat değişimi; LN, lupus nefriti; MN, membranöz nefropati; NS, anlamlı değil; TBM, ince bazal membran.
17 tip I IFN ile ilişkili transkriptin kullanıldığı hiyerarşik kümeleme, LN'yi hem MN hem de TBM örneklerinden ayırdı (şekil 2C). IFN pozitif kümedeki (n=48, %87) LN biyopsilerinin oranı, IFN negatif kümedekinden (n=7, %13, p) önemli ölçüde daha yüksekti<0.0001, Fisher exact test). Within the IFNpositive cluster, the next hierarchy contained two clusters, with higher or lower IFN expression. The proportion of class V LN samples in the cluster with lower IFN expression (n=14, 74%) was significantly greater than that in the cluster with higher IFN expression (n=5, 26%, p=0.0009, Fisher exact test). TRIs in glomerular endothelial cells is frequent in LN and related to the type I IFN response. TRIs were present in 45 out of 54 LN biopsies (83%, data unavailable for one biopsy) and of the 47 biopsies in the IFN-positive cluster, 89% (n=42) had TRIs (figure 2C). We measured the blood type I IFN signature in 25 (46%) of the 55 patients with LN. A high blood IFN score was present in 13 (62%) of the 21 patients within the renal biopsy IFN-positive cluster and 1 of the 5 (20%) of patients within the renal biopsy IFN-negative cluster. There were no significant differentially expressed genes between MN and TBM samples (online supplemental figure 2, online supplemental data S15).
Histolojik LN sınıfları içindeki gen ekspresyonu analizi
Daha sonra her LN sınıfı için DGE (şekil 3A-C) ve yol analizi (çevrimiçi ek şekil 3 ve çevrimiçi ek veriler S4, S16-S18) gerçekleştirdik. TBM hastalığıyla karşılaştırıldığında, sınıf III LN'de diferansiyel olarak eksprese edilen 63 gen mevcuttu (60'ı artmış ve 3'ü azalmış, şekil 3A, çevrimiçi ek veri S8); sınıf IV LN 205 diferansiyel olarak eksprese edilmiş genler (189 arttı ve 16 azaldı, şekil 3B, çevrimiçi ek veriler S9) ve sınıf V LN 95 diferansiyel olarak eksprese edilmiş genler (92 arttı ve 3 azaldı, şekil 3C, çevrimiçi ek veriler S10). Sınıflar arasında ortak olan 52 önemli diferansiyel olarak eksprese edilmiş gen vardı (şekil 3D, çevrimiçi ek tablo 2) ve yol analizi, tip I IFN sinyal ling, kompleman ve MHC II yolakları için zenginleşme gösterdi (şekil 3E, çevrimiçi ek veriler S4 ve S11). FC, sınıf V ile karşılaştırıldığında 52 genin tümü için sınıf IV'te ve sınıf III ile karşılaştırıldığında genlerin %85'i için daha büyüktü (çevrimiçi ek tablo 2).
TBM hastalığıyla karşılaştırıldığında, sınıf IV'te önemli ölçüde diferansiyel olarak eksprese edilen ancak sınıf III veya V LN biyopsilerinde bulunmayan 105 gen vardı (şekil 3D). Yol analizi, NF-κB sinyali ve Toll-IL1-direnç alanı açısından zenginleşme, reaktif oksidatif türlerin (ROS) metabolik süreçlerinin pozitif düzenlemesini ve peptidaz aktivite yollarının pozitif düzenlemesini gösterdi (şekil 3F, çevrimiçi ek veriler S4 ve S12) ). Önemli ölçüde diferansiyel olarak ifade edilen 205 sınıf IV transkriptin tümünün etki boyutlarını, sınıf III (şekil 3G) ve sınıf IV (şekil 3H) LN için ilgili etki boyutlarıyla birlikte çizdiğimizde. değişikliklerin çoğu uyumluydu. Bu, veri setimizdeki yalnızca az sayıda transkriptin, sınıf IV LN biyopsilerinde benzersiz şekilde diferansiyel olarak düzenlendiğini gösterdi (yani, sınıf IV LN transkriptlerindeki anlamlı etki büyüklükleri, sınıf III veya sınıf IV LN'de düşük veya sıfır etki büyüklüğüne sahipti).
Proliferatif ve membranöz LN arasındaki farkları araştırmak için sınıf IV ile sınıf V LN'yi karşılaştırdık. Bu, sınıf IV'te diferansiyel olarak eksprese edilen 179 (167 yüksek ve 12 düşük ekspresyon) gen gösterdi (şekil 4A, çevrimiçi ek veri S13). Yol analizi, tip I IFN sinyali, JAK-STAT sinyali, Kompleman Kaskadı, MHC II, İntegrin bağlanması, NF-κB ve apoptoz yolları için zenginleşme gösterdi (şekil 4B, çevrimiçi ek veriler S4 ve S14). Bu yolların çoğu, sırasıyla TBM hastalığıyla karşılaştırıldığında sınıf IV ve V'in tek alt sınıf analizinde de tanımlanmış olsa da (çevrimiçi ek şekil 3BC), sınıf IV'te sınıf V'e göre bu yollar için ek bir anlamlı yukarı regülasyon ve zenginleşme gözlemledik ( şekil 4B).
Şekil 4 Sınıf IV ve sınıf V LN arasındaki diferansiyel gen ekspresyonu. Sınıf IV'ün (n=23 biyopsi) ve sınıf V'in (n=21 biyopsi) diferansiyel gen ekspresyonunu (DGE) gösteren volkan grafikleri. Benjamini-Hochberg p{=0.05'i ve log2 FC kesme noktasını=0.5'i ayarladı. (B) Sınıf IV'e kıyasla sınıf V'te daha yüksek ekspresyona sahip 167 önemli diferansiyel olarak eksprese edilmiş gen için STRING etkileşim ağı (en yüksek güven puanı=0.9). Kırmızı düğümler — tip I IFN; mavi düğümler — tamamlayıcı çağlayanı; pembe düğümler —MHC II; sarı düğümler—JAK-STAT sinyali; mor düğümler — integrin bağlanması; açık yeşil düğümler — NF-κB+TIR alanı; koyu yeşil düğümler — NF-κB ve apoptoz modülasyonu. FC, kat değişimi; LN, lupus nefriti; NS, anlamlı değil.
TBM hastalığıyla karşılaştırıldığında, sınıf IV'te önemli ölçüde diferansiyel olarak eksprese edilen ancak sınıf III veya V LN biyopsilerinde bulunmayan 105 gen vardı (şekil 3D). Yol analizi, NF-κB sinyali ve Toll-IL1-direnç alanında zenginleşme, reaktif oksidatif türlerin (ROS) metabolik süreçlerinin pozitif düzenlemesini ve peptidaz aktivite yollarının pozitif düzenlemesini gösterdi (şekil 3F, çevrimiçi ek veriler S4 ve S12) . Önemli ölçüde diferansiyel olarak ifade edilen 205 sınıf IV transkriptin tümünün etki boyutlarını, sınıf III (şekil 3G) ve sınıf IV (şekil 3H) LN için ilgili etki boyutlarıyla birlikte çizdiğimizde. değişikliklerin çoğu uyumluydu. Bu, veri setimizdeki yalnızca az sayıda transkriptin, sınıf IV LN biyopsilerinde benzersiz şekilde diferansiyel olarak düzenlendiğini gösterdi (yani, sınıf IV LN transkriptlerindeki anlamlı etki büyüklükleri, sınıf III veya sınıf IV LN'de düşük veya sıfır etki büyüklüğüne sahipti).
Proliferatif ve membranöz LN arasındaki farkları araştırmak için sınıf IV ile sınıf V LN'yi karşılaştırdık. Bu, sınıf IV'te diferansiyel olarak eksprese edilen 179 (167 yüksek ve 12 düşük ekspresyon) gen gösterdi (şekil 4A, çevrimiçi ek veri S13). Yol analizi, tip I IFN sinyali, JAK-STAT sinyali, Kompleman Kaskadı, MHC II, İntegrin bağlanması, NF-κB veapoptoz yolları(şekil 4B, çevrimiçi ek veriler S4 ve S14). Bu yolların çoğu, sırasıyla TBM hastalığıyla karşılaştırıldığında sınıf IV ve V'in tek alt sınıf analizinde de tanımlanmış olsa da (çevrimiçi ek şekil 3BC), sınıf IV'te sınıf V'e göre bu yollar için ek bir anlamlı yukarı regülasyon ve zenginleşme gözlemledik ( şekil 4B).
TARTIŞMA
Bizim çalışmamız ve diğerleri16 18 19, transkript ifadesinin niceliğini belirlemek için NanoString teknolojisinin kullanılmasının fizibilitesini göstermiştir.FFPE böbrek biyopsi dokusuve dikkat çekici bir şekilde bu, 11 yaşına kadar olan biyopsiler kullanılarak mümkün oldu. FFPE dokusu tanısal böbrek biyopsi yolunun ayrılmaz bir bileşeni olduğundan, bu yaklaşımın potansiyel klinik faydası vardır. LN ile TBM hastalığı arasındaki karşılaştırmamızda 36 anlamlı STRING ağ kümesi tanımlandı; ilk 10 terim NF-κB (ilk 6 STRING kümesi, toplam 36 kümeden 8'i) veya IFN alfa/beta sinyalini (36 STRING kümesinden 6'sı) içeriyordu. . Tamamlayıcı da yüksek oranda temsil edildi (36 STRING kümesinden 6'sı). Yayınlanan verilerle tutarlı olarak, üç LN sınıfının tamamında tip I IFN imzasını tespit edebildik.16 Bu IFN ile ilişkili transkriptomik imza, LN'de o kadar iyi temsil edildi ki, çarpıcı morfolojik benzerliklerine rağmen sınıf V LN ve MN arasında açıkça ayrım yaptı. İlginç bir şekilde, MN'yi TBM ile karşılaştırdığımızda transkriptlerde anlamlı bir artış yoktu.
LN'nin moleküler profili ilk olarak proliferatif LN'li (sınıf III ve IV) hastaların donmuş dokusundan lazerle yakalanan glomerüller kullanılarak incelenmiştir.17 B hücrelerini, tip I IFN yanıtını, miyeloid soyunu ve hücre dışı hücrelerin üretimini tanımlayan dört gen kümesi matrisi anlatıldı. Özellikle, biyopsiler arasında belirgin bir heterojenlik vardı (bu hem teknik hem de biyolojik nedenlerden dolayı olabilir) ve sınıf III ve IV biyopsiler arasında belirgin bir profil yoktu. Proliferatif, karışık ve sınıf V LN'yi içeren ve glomerüler ve tübülointerstisyel bölümleri ayrı ayrı analiz eden bir çalışmada, RNA transkriptlerinin bolluğu, histolojik sınıfla veya Ulusal Sağlık Enstitüsü aktivite ve kroniklik indeksleriyle korele değildi.16 Benzer şekilde, LN'li 14 hastadan alınan 28 eşleştirilmiş biyopsinin incelendiği ve çalışmamıza benzer bir NanoString bağışıklık paneli kullanılarak değerlendirilen çalışmada, glomerüler veya tübülointerstisyel kompartmanlardan RNA transkript bolluğu analiz edildiğinde belirgin kümeler yoktu.18 Çalışmamızın en büyük gücü, Karışık lezyonlar olmayan, iyi tanımlanmış sınıf III, IV ve V biyopsilerin seçimi. Bu yaklaşıma rağmen ve yukarıda özetlenen çalışmalarla uyumlu olarak, her histolojik alt tip için ayrı bir transkriptomik imza tespit edemedik.
Bununla birlikte, her üç LN sınıfında da diferansiyel olarak eksprese edilen 52 gen belirledik. STRING analizi, IFN sinyali, MHC II ve klasik antikor aracılı kompleman aktivasyonu açısından zenginleşme gösterdi. Sınıf IV LN'deki FC, sınıf III veya V'e kıyasla bu genlerin çoğu için daha büyüktü. IFN ile ilişkili genlerin intrarenal ekspresyonunun, MX1, STAT1 ve IRF7'nin tümü yukarı doğru düzenlenmiş olarak hastalığın alevlenmesinden ve tedavisinden etkilenmesi dikkat çekicidir. alevlenme sırasında ve tedaviye yanıt vermeyenlerin veya yanıt vermeyenlerin tedavi sonrası biyopsisinde sırasıyla azalmış veya daha da yükselmiştir. 19 Bunda ve bizim analizimizde, yerleşik glomerüler endotel hücrelerinden ve sızan lökositlerden gelen IFN yanıtının katkılarını belirlemek mümkün olmadı; ikincisinden gelen sinyalin anti-inflamatuar tedaviden etkilenme olasılığı daha yüksekti. Tanımlanan tüm STRING zenginleştirme kümelerinin NF-κB ve apoptozda yer aldığı sınıf IV LN'de önemli ölçüde diferansiyel olarak eksprese edilen 105 gen belirledik. Biriken kanıtlar, podosit hasarı da dahil olmak üzere LN'nin patogenezinde NF-κB'nin rol oynadığını göstermektedir25 ve yanıtsızlık durumunda NF-κB aracılı sitokin ekspresyonu vurgulanmıştır. 19 TLR/ NF-κB sinyallemesindeki çeşitli genlerin varyantları, TLR 3/7/9, MYD88, IRAK1, TNFAIP3 ve TNIP1 dahil olmak üzere LN ile ilişkilidir, 26 ancak bu, NF-κB'nin sınıf IV'e atfedildiği ilk seferdir LN. VCAM-1, başlangıç ve alevlenme biyopsisi18 arasında artan ekspresyon ve sınıf IV'ü diğer sınıflardan ayırt etme yeteneği ile LN aktivitesi biyobelirteci27 olarak önerilmiştir. Biz de benzer şekilde çalışmamızda sadece sınıf IV LN'de anlamlı bir artış gözlemledik. Sınıf IV analizimiz ayrıca, NADPH oksidaz enzim kompleksinin bir alt birimi olan sitokrom-245'un beta zincirini kodlayan gen olan SLE.21 CYBB'de rol oynadığı bildirilen ROS metabolik süreçlerinin düzenlenmesini de vurguladı. ve M2 makrofaj işaretçisi CD163 tüm sınıflarda arttı ancak en çok sınıf IV'te belirgindi. CD163, LN'deki aktivitenin idrar biyobelirteçlerinden biri olarak öne sürülmüştür.18 Tip I IFN sinyallemesinin varlığı, mitokondriyal anormalliklerle ilişkilendirilmiş olup, kalıcı tip I IFN yanıtında düzenleyici bir mekanizma olarak mitokondriyal yetmezliğe ve artan hücre ölümüne yol açmaktadır.21 Bununla birlikte, hayvan modellerinde, değişen metabolik fonksiyon bozukluğunun lupustan etkilenen dokularda tip I IFN'ye maruz kalmayla yönlendirilmeyen geri dönüşümlü bir değişiklik olduğu ve hayvan modellerinde immünosupresyondan sonra doğru modülasyonun geri yüklenebileceği gösterilmiştir.28 Benzer bir STRING etkileşim ağını bizim çalışmamızda da gözlemledik. sınıf IV ve sınıf V ve sınıf IV ve TBM analizimiz. Aslında, TBM'ye göre tanımlanan genlerin %71,4'ü (189'un 135'i) karşılaştırıldığında, tip I IFN sinyallemesi, JAK-STAT sinyallemesi, Complement Cascade, MHC II, İntegrin bağlanması, NF-κB ve apoptoz. Bundan, sınıf IV LN'deki immünolojik zenginleşmenin, hastalık kontrolümüz (TBM biyopsileri) ve sınıf V LN'den önemli ölçüde yukarı doğru düzenlendiği sonucuna varabiliriz.
Araştırmacı analiz, osteopontin (OPN/SPP1), fibronektin (FN1) ve galektin-3'yi (LGALS3) lupus hastalığı aktivitesi açısından ilgilenilen genler olarak tanımladı.16 FN1 ayrıca alevlenmeyle bağlantılıydı.18 Çalışmamızda LGALS3 anlamlı bir şekilde ifade edilmedi. Bununla birlikte, FN1 hem sınıf IV hem de V'de anlamlıydı. OPN yalnızca sınıf IV'te anlamlıydı; bu, orijinal çalışmada belirtilmeyen bir gözlemdi. OPN, agresif ve proliferatif LN16'nın aday belirteci olarak önerildi ve fare LN'sinde hiperselülerlik, hücresel proliferasyon ve hilal oluşumu ile ilişkilendirildi.29 Çalışmamızın temel amacı,tüm böbrek transkriptomik profilleriTedavi için hedef alınabilecek moleküler yolları ve inflamatuar molekülleri belirlemek amacıyla sınıf III, IV ve V LN için. LN'de hedefleme için yeni yollar belirlememiş olsak da, tip I IFN reseptör alt birimi 1'e yönelik bir insan monoklonal bloke edici antikor olan anifrolumabın yakın zamanda lupus tedavisi için onaylanması, intrarenal IFN imzasının yanıtı nasıl etkileyebileceğini anlama fırsatı sağlar. Kompleman inhibisyonu aynı zamanda LN'de potansiyel bir tedavi olabilir ve kompleman immün boyama ve transkriptomik profillerin birleştirilmesi gibi renal kompleman belirteçlerinin kullanılması, kavram kanıt çalışmaları için hastaların seçilmesinde bir yöntem olabilir.30
Çalışmamızın önemli sınırlılıkları bulunmaktadır. Transkriptomik analiz, NanoString panelimiz tarafından sorgulanan 750 transkript ile sınırlıydı. Bununla birlikte panel, LN'nin moleküler patogenezinin anlaşılmasında açıkça büyük öneme sahip olan immün ve inflamasyonla ilişkili transkriptleri sorgulama yeteneği nedeniyle seçilmiştir. Glomerüler ve tübülointerstisyel dokuyu ayırmak yerine tüm renal doku kesitlerini kullandık, dolayısıyla farklı renal kompartmanlardan ekspresyonu ayırt edemedik. Tüm dokuyu kullanmak, deneysel olarak teknik olarak en uygun yaklaşım ve sonraki klinik uygulamalar için en pratik olma avantajına sahiptir. Bu retrospektif bir çalışma olduğundan tedavi yaklaşımları heterojendi. Sınıflar arasındaki farklılıkları tespit etme yeteneğimizi güçlendirmek için biyopsilerimizi belirgin bir yara izi bırakmayan, iyi tanımlanmış sınıf III, IV ve V lezyonlarla sınırladık. Karışık lezyonlardan veya kronik hasara sahip lezyonlardan (örn. arteriyoskleroz, IFTA ve glomerüloskleroz) sinyallerin nasıl etkileneceğinin daha fazla araştırılması gerekmektedir.
Özetle, bağışıklık ve inflamasyon gen problarından oluşan bir panel kullanarak sınıf III, IV ve V LN biyopsilerinin tam böbrek bölümünün transkriptomik analizini sağladık. Her üç sınıfta da ortak olan yolları belirledik ve yalnızca sınıf IV biyopsilerimizde önemli ölçüde modüle edilen yolları karakterize ettik. LN için daha hedefe yönelik tedaviler geliştirildikçe, tedavi seçimi konusunda bilgi sağlamak amacıyla transkriptomik analizin kullanılması mümkün olabilir.
Teşekkür Hasta işbirlikçilerimize MASTERPLANS konsorsiyumuna (https://sites.manchester.ac.uk/masterplans/) katılımlarından dolayı teşekkür ederiz. Ayrıca kodlama konusundaki yardımları, istatistiksel tavsiyeleri ve desteği için James E. Peters'a da teşekkür ederiz. University College London Nanosicim Tesisi'ne teşekkür ederiz. Imperial College Healthcare Ulusal Sağlık Hizmeti Vakfı ve Imperial College London merkezli Ulusal Sağlık Araştırma Enstitüsü Biyomedikal Araştırma Merkezi'nin ve Ulusal Sağlık Araştırma Enstitüsü Klinik Araştırma Ağı'nın desteğini kabul ediyoruz. INB, Ulusal Sağlık Araştırmaları Enstitüsü (NIHR) Kıdemli Araştırmacısı Emeritus'tur ve NIHR Manchester Biyomedikal Araştırma Merkezi tarafından finanse edilmektedir.
Katkıda bulunanlar ACG deneyleri gerçekleştirdi, verileri analiz etti ve taslağı birlikte yazdı. HRW numune alımı ve klinik fenotipleme konusunda yardım sağladı. HTC böbrek patolojisi konusunda uzmanlık sağladı. MB, LL, TDC ve INB, klinik fenotipleme ve veri yorumlama konusunda yardım sağladı. MCP projeyi denetledi, taslağın ortak yazarlığını yaptı ve garantör oldu.
Finansman Bu çalışma Tıbbi Araştırma Konseyi, MR/ M01665X/1, "Yeni ve Sistemik Yaklaşımlar ve Mühendislik (MASTERPLANS) Uygulamasıyla SLE Terapötik Potansiyelinin Maksimuma Çıkarılması" hibesi tarafından finanse edildi.
Yasal Uyarı İfade edilen görüşler yazarlara ait olup, Ulusal Sağlık Hizmeti, Ulusal Sağlık Araştırmaları Enstitüsü veya Sağlık Bakanlığı'nın görüşleri değildir.
Rekabet halindeki çıkarlar Hiçbiri beyan edilmedi.
Yayın için hasta onayı Uygulanamaz.
Etik onayı Etik onay, Imperial College Doku Bankası aracılığıyla alınmıştır: MREC 12/WA/0196, Proje: R16063. Katılımcılar çalışmaya katılmadan önce araştırmaya katılmak için bilgilendirilmiş onam verdiler.
Kaynak ve emsal incelemesi Görevlendirilmedi; harici hakemli.
Veri kullanılabilirliği bildirimi Veriler makul talep üzerine sağlanır. Çalışmayla ilgili tüm veriler makaleye dahil edilmiş veya ek bilgi olarak yüklenmiştir. Veriler ek excel dosyasında sağlanmaktadır. Ham veri dosyaları istek üzerine mevcuttur.
REFERANSLAR
1 Gasparotto M, Gatto M, Binda V, ve diğerleri. Lupus nefriti: 21. yüzyılda klinik bulgular ve sonuçlar. Romatoloji 2020;59:v39–51.
2 Hoover PJ, Costenbader KH. ABD'li romatologun bakış açısından lupus nefritinin epidemiyolojisi ve yönetimine ilişkin bilgiler. Böbrek Uluslararası 2016;90:487–92.
3 Fanouriakis A, Kostopoulou M, Cheema K, ve diğerleri. Lupus nefritinin tedavisine yönelik ortak Avrupa Romatizma Ligi ve Avrupa Böbrek Birliği-Avrupa Diyaliz ve Transplant Birliği (EULAR/ERA-EDTA) tavsiyelerinin 2019 güncellemesi. Ann Rheum Dis 2020;79:713–23.
4 Moroni G, Vercelloni PG, Quaglini S, ve diğerleri. Lupus nefriti olan 499 hastadan oluşan bir kohortta son elli yılda klinik-histolojik sunum ve böbrek sonuçlarındaki değişen modeller. Ann Rheum Dis 2018;77:1318–2
5. 5 Weening JJ, D'Agati VD, Schwartz MM, ve diğerleri. Sistemik lupus eritematozusta glomerülonefritin sınıflandırılması yeniden gözden geçirildi. J Am Soc Nephrol 2004;15:241–50.
6 Bajema IM, Wilhelmus S, Alpers CE, ve diğerleri. Lupus nefriti için Uluslararası Nefroloji Derneği/Böbrek Patolojisi Derneği sınıflandırmasının revizyonu: tanımların açıklığa kavuşturulması ve değiştirilmiş Ulusal Sağlık Enstitüleri aktivite ve kroniklik endeksleri. Böbrek Uluslararası 2018;93:789–96.
7 Haring CM, Rietveld A, van den Brand JAJG, et al. Sınıf IV lupus nefritinin segmental ve global alt sınıfları benzer böbrek sonuçlarına sahiptir. J Am Soc Nephrol 2012;23:149–54.
8 Austin HA, Muenz LR, Joyce KM, ve diğerleri. Yaygın proliferatif lupus nefriti: böbrek sonucunu etkileyen spesifik patolojik özelliklerin tanımlanması. Böbrek Uluslararası 1984;25:689–95.
9 Dall'Era M, Cisternas MG, Smilek DE, et al. Lupus nefriti araştırmalarında uzun vadeli böbrek sonuçlarının öngörücüleri: Euro-Lupus nefriti kohortundan öğrenilen dersler. Artrit Romatol 2015;67:1305–13.
10 Moroni G, Gatto M, Tamborini F, ve diğerleri. 1 yılda EULAR/ERA-EDTA yanıtının olmaması, lupus nefriti olan hastalarda uzun vadeli kötü renal sonuçların habercisidir. Ann Rheum Dis 2020;79:1077–83.
Wecistanche Destek Hizmeti-Çin'deki en büyük cistanche ihracatçısı:
E-posta:wallence.suen@wecistanche.com
Whatsapp/Tel:+86 15292862950
Daha Fazla Özellik İçin Alışveriş Yapın Detaylar:
https://www.xjcistanche.com/cistanche-shop
