Mikrosefalik Osteodisplastik İlkel Cücelik (MOPD) Tip II ve Küçük Böbreklerle İlişkili PCNT Genindeki Yeni Çerçeve Kaydırma Varyantı
Nov 13, 2023
Soyut
Arka plan:Mikrosefalik Osteodisplastik İlkel Cücelik (MOPD) Tip II, aşağıdakilerle karakterize edilen heterojen bir grup bozukluğu kapsayan otozomal resesif bir durumdur:simetrik büyüme geriliğiCücelik, mikrosefali ve çeşitli tıbbi komplikasyonlara yol açannörovasküler hastalıklar. Bialelik patojenik varyantlarPericentrin genindeki (PCNT) patogenezinde rol oynadığı gösterilmiştir.
Dava sunumu:Şiddetli gelişme geriliği, mikrosefali ve MOPD Tip II'yi düşündüren yüz gestalttı ile başvuran ve aşağıdaki özellikleri içeren 2 yıl 6 aylık bir erkek çocuğun tanısını belirlemek için tam ekzom dizilimi gerçekleştirdik.retrognati, küçük kulaklar,büyük burunlu belirgin burun kökü, mikrodonti, seyrek saç derisi, iki taraflı beşinci parmak klinodaktili. Küçük bir ostium secundum atriyal septal defekti ve iki taraflı küçük böbrekleri vardı. Mikrosefalik Osteodisplastik İlkel Cücelik (MOPD) Tip II, PCNT genindeki c.5059_5060delAA|P. Asn1687fs (yeni varyant) ve c.9535dup (s. Val3179fs). Ebeveynlerinin varyantlar için heterozigot taşıyıcılar olduğu tespit edildi.
Çözüm:PCNT geninde yeni bir çerçeve kayması varyantını ve Mikrosefalik Osteodisplastik İlkel Cücelik (MOPD) Tip II için daha önce bildirilmemiş bir fenotipi rapor ediyoruz.
Arka plan
Mikrosefalik Osteodisplastik Primordiyal Cücelik (MOPD) Tip II (OMIM #210720), mikrosefali ile birlikte hem doğum öncesi hem de doğum sonrası büyüme geriliği ile karakterize edilen, klinik olarak heterojen bir grup durumdur. Bu durum ilk kez 1982'de Majewski Ranke ve Schinzel tarafından tanımlandı [1]. Birkaç alt tipten oluşan İlkel cücelik (PD) şemsiyesi altında tanımlanır: Seckel sendromu, Russell Silver sendromu, Meier-Gorlin sendromu ve Majewski Osteodisplastik İlkel Cücelik (MOPD) I/III ve III. Günümüzde MOPD Tip II'nin en sık görülen alt tip olduğu bilinmektedir. Pericentrin (PCNT) genindeki bialelik fonksiyon kaybı mutasyonlarının neden olduğu otozomal resesif bir hastalık olarak kalıtsaldır. Bu durumdan muzdarip bireyler, belirgin bir burun ve orantısız özellikler, iskelet displazisi, doğum sonrası dönem boyunca devam eden ve bodur yetişkin boyutuna ulaşan büyüme bozukluğu (ergenlik sonrası ortalama boy 40 cm ve yetişkin boyu 100 cm'nin altında) gibi karakteristik yüz hatlarına sahiptir. ), anormal diş yapısı ve insülin direnci [4, 5]. Yeni Nesil Dizileme gibi yüksek verimli dizileme teknolojilerinin artan erişilebilirliği sayesinde bu hastaların bakımı artık ilerlemiştir. Ortopedik belirtileri, insülin direncini, hematolojik anormallikleri ve sistemik hipertansiyon ve böbrek komplikasyonları dahil nörovasküler hastalıklara duyarlılığı ele almak için daha proaktif bir yaklaşım benimsenebilir. Bu nedenle serebrovasküler hastalıkları önlemek için düzenli taramadan geçmeleri ve büyümenin izlenmesi teşvik edilmelidir [2, 6]. MOPD Tip II ortalamadan daha küçük beyin boyutlarıyla ilişkilendirilse de IQ'ları normale yakındır [7]. 21q22.3 kromozomu üzerinde bulunan pericentrin (PCNT) geni, mitotik iğ oluşumunda ve kromozomal segregasyonda rol oynar [8]. Bu gen tarafından kodlanan pericentrin proteini (~370 kD), sentrozomlarda ifade edilen kalmodulin'e bağlanan bir sabitleme proteinidir. Ayrıca hücre döngüsü düzenleyicisidir. Protein, bir dizi yüksek oranda korunmuş sarmal-sarmal alandan oluşur. Şu ana kadar Clinvar'da 41 patojenik varyant ve 3 muhtemel patojenik varyant rapor edilmiştir [9]. Bu çalışmada, Sri Lanka kökenli bir bebekte yeni bir fenotipe yol açan PCNT geni c.9535dup (p. Val3179fs), c.5059_5060delAA'da (p. Asn1687fs) yeni bir bileşik heterozigot varyantı tanımlıyoruz.
Dava sunumu
Proband 2 yıl 6 aylık erkek. Kendisi Sri Lanka kökenli, akrabalık bağı olmayan sağlıklı bir anne-babanın tek çocuğudur. Annesi 24 yaşındayken, şiddetli oligohidramnios ve belirgin fetal büyüme kısıtlılığı nedeniyle acil alt segment sezaryen ile 35. gebelik haftasında doğurtuldu. Bu gebelik öncesinde herhangi bir antenatal kanama, fetal yavaşlama veya herhangi bir düşük öyküsü yoktu. 1. ve 5. dakikadaki Apgar skorları sırasıyla 8 ve 10 idi. Doğumda antropometrik parametreleri şu şekildeydi; doğum ağırlığı - 1080 g, doğum uzunluğu - 30 cm ve oksipitofrontal çevresi - 24 cm. Tüm parametreler standart WHO büyüme çizelgelerinde 3SD'nin oldukça altındaydı. Çok düşük doğum ağırlığı nedeniyle yaşamının 1. haftasında Özel Bakım Bebek Ünitesine yatırıldı. Doğumdan 6 aya kadar zayıf kilo alımı nedeniyle kapsamlı bir şekilde değerlendirilmişti. Kaydedilen tüm biyokimyasal incelemeler normal aralıktaydı. Ancak büyümeyle ilgili endokrin değerlendirmeler finansal kısıtlamalar nedeniyle yapılamadı. Mevcut büyüme parametreleri Şekil 1A-C'de gösterilmektedir ve bunlar da 3SD'nin altındadır. Gelişimsel kilometre taşları doğumundan bu yana yaşına uygun kaldı ve herhangi bir gıda intoleransı, metabolik veya malabsorbsiyon sendromunu düşündüren herhangi bir semptom yok. Optimum kalori alımına rağmen büyüme hızı sabittir. Muayenede, aşağıdaki dismorfizmler retrognati, küçük kulaklar, büyük burunlu belirgin burun kökü, mikrodonti ve seyrek kafa derisi kılları olarak kaydedildi (Şekil 2A, B). Aynı zamanda karakteristik, tiz bir sesi var. Üst ekstremitelerde hipopigmente yamalar dikkat çekti ancak bunlar Blaschko çizgilerini takip etmiyordu. Ekstremite muayenesinde iki taraflı beşinci parmak klinodaktilisi mevcuttu. Diğer sistem taraması sırasında ekokardiyografide küçük bir ostium sekundum atriyal septal defekt saptandı. Karın ultrason taraması, probandın normal şekilde çalışan böbreklerinin belirgin şekilde daha küçük olduğunu ortaya çıkardı. Sağ ve sol böbrekleri sırasıyla 4,5 cm ve 3,8 cm olarak ölçüldü. Normal aralık sağ böbrek için 7,1 (6,8-7,4) cm ve sol böbrek için 7,0 (6,7-7,2) cm'dir [9]. Bu nedenle proband böbreği yaşa göre cm cinsinden böbrek uzunluğu açısından 1. persantilin altındadır. Kalça radyografisinde yağ asetabulumlu, kötü şekillenmiş dar bir pelvis görülüyordu.
Tüm ekzom dizilimi ve biyoinformatik analiz
Tam Ekzom Sıralaması gerçekleştirmeden önce, Colombo Üniversitesi Tıp Fakültesi Etik İnceleme Komitesi tarafından onaylanan bir protokol kapsamında probandın ebeveynlerinden yazılı bilgilendirilmiş onam aldık. Genomik DNA'nın kan lökositlerinden ekstraksiyonu, üreticinin protokolüne göre QIAamp DNA Mini Kiti kullanılarak yapıldı. Sure SelectXT® Human(Mouse) All Exon V6 5190-886 kiti, Tam Ekzom Dizilemesi için Illumina® NovaSeq® 6000 Yeni Nesil Sıralayıcıda kullanıldı. Oluşturulan verileri analiz etmek için şirket içi bir biyoenformatik hattı kullanıldı. Eşleştirilmiş uç sıralama verilerinin GrCh37 insan referans genomuna ve varyant çağrısına hizalanması, BWA-mem algoritması ve Genom Analiz Araç Kiti (GATK) kullanılarak gerçekleştirildi. Biçim dosyasını çağıran oluşturulan varyantların açıklamaları, Refseq, klinik ve popülasyon frekans veritabanlarının yardımıyla SNP-ef kullanılarak gerçekleştirildi. Probandın fenotipiyle ilgili varyantları filtrelemek için iskelet displazisine neden olduğu bilinen genlerden oluşan sanal bir gen paneli (Tablo 1) kullanıldı. Standart ACMG kurallarına göre (https://www.acgs.uk.com/media/ 11631/uk-practice-guidelines-for-variant-classifcation v4-01-2020.pdf), iyi huylu varyantlar filtrelendi. Tespit edilen varyantların fonksiyonel önemini tahmin etmek için in silico fonksiyonel tahmin araçları (Mutation Taster, SIFT, PolyPhen2 ve Provean) kullanıldı. Varyantları daha ayrıntılı incelemek için protein yapısı üzerindeki fonksiyonel etki ve yerleşik bölgenin korunması kullanıldı. Filtrelemeden sonra sonuçlar, PCNT geni c.5059_5060delAA |'da patojenik bir bileşik heterozigot çerçeve kaydırma varyantını ortaya çıkardı. P. Asn1687fs (yeni varyant) ve c.9535dup (s. Val3179fs). Ebeveynlerinin taranması sırasında annesi ve babasının varyantlar açısından heterozigot olduğu bulundu (Şekil 3).
Silico analizi
Mevcut vakanın genomik analizi için, homo sapiens pericentrin B (PCNT2) mRNA'sının FASTA dizisi, GenBank ID: AF515282.1 of 10020 bp'ye sahip tam CD'ler, NCBI nükleotid veri tabanından (https://www.ncbi. nlm.nih.gov/nuccore/AF515282). Yabani tip dizide, cDNA pozisyonları 5059 ve 5060'da iki adenin nükleotidi vardı. Bu nükleotid çiftinin manuel olarak silinmesi, c.5059_5060delAA probandına karşılık gelen varyantı oluşturmak için gerçekleştirildi. Her iki mRNA dizisi de kodlayan amino asitlerdeki farklılıkları değerlendirmek için ORF aracına gönderildi. Okuma çerçevesindeki bir kayma nedeniyle amino asit dizisinde bir değişiklik gözlemledik. Böylece, 1687. pozisyondaki mutasyona uğramış proteinde amino asit asparajin "N", glutamin "Q" ile değiştirildi. Ayrıca, başlangıçtaki amino asit değişikliğinden sonra 10 üçlü kodonu takip eden TGA'nın (yani sonlandırma kodonunun) görünümü vardı. Bu, protein sentezinin erken sonlanmasına neden oldu. Yabani tip proteinin (UniProtKB ID-095613, PCNT_HUMAN) indirilen FASTA dizisi, 3336 amino asit kalıntısına sahipti ve 3D modelleme, SPDBV ofine yazılımı kullanılarak gerçekleştirildi. Yabani tip ve mutasyona uğramış PCNT'nin modellenmesi, şablon yapı olarak 1JQN alınarak homoloji yaklaşımıyla yapıldı. İki proteinin 3 boyutlu modellerine göre amino asit sayıları sırasıyla 643 ve 615 idi. Sırasıyla 600 ve 576 olan glisin olmayan ve prolin olmayan kalıntıların sayısını karşılaştırdık. Mutasyona uğramış proteinde izin verilmeyen bölgede bir amino asidin bulunduğu ve böylece kararsız bir üçüncül yapıya katkıda bulunduğu da gözlendi (Şekil 4). Ayrıca, bu boşlukların etrafındaki amino asit konfigürasyonlarının değişmesiyle, yabani tipte 4'ten mutant proteinde 5'e kadar boşluk sayısında da bir artış olmuştur (Şekil 5).
Wecistanche Destek Hizmeti-Çin'deki en büyük cistanche ihracatçısı:
E-posta:wallence.suen@wecistanche.com
Whatsapp/Tel:+86 15292862950
Daha Fazla Özellik İçin Alışveriş Yapın Detaylar:
https://www.xjcistanche.com/cistanche-shop
