Kronik Böbrek Hastalığı Olan Hastalarda Osteopontin Genetiği: Alman Kronik Böbrek Hastalığı Çalışması Ⅳ

Plazma proteomu.

Ayrıca GWAS özet istatistiklerini kullandık.plazma proteinleri(pGWAS), Sun ve ark. [22], OPN ile proteinler arasında hem cis hem de trans etkileri olan tutarlı birleşme sinyallerini tanımlamak için kolokalizasyon analizini yürütmek üzere. GTEx ve NephQTL'den elde edilen verilerin aksine, genom çapında mevcut pGWAS özeti her iki etkinin de değerlendirilmesine olanak sağlar. Cis-pQTL'lerle ortak lokalizasyonu tespit etmek için herhangi bir protein gen bölgesinin (gen bölgesi ±500kb, cis bölgesi) pGWAS özet istatistikleri çıkarıldı. OPN lokusu ve etrafındaki 100kb'lik bölge başına cis pGWAS ekstraktlarından herhangi birinin örtüşüp örtüşmediğini ve pGWAS ilişkisi p-değerinin olup olmadığını kontrol ettik.<0.05/2 (Bonferroni correction for two OPN loci). For all hereby selected proteins, we then extracted the protein-gene-region from the OPN GWAS summary statistics and ran colocalization within the protein-gene-region. For potential colocalization with trans-pQTLs, we selected all proteins with pGWAS association p-values <0.05/2/3,000 (Bonferroni correction for the two OPN loci and number of proteins evaluated in pGWAS) within a 100kb region around an OPN-associated index SNP. For all hereby selected proteins, colocalization analyses were conducted within the ±500kb region of the OPN-associated index SNP.

Böbrek Sağlığı İçin Organik Sağlıklı Gıda

Proteinlerin ortak lokalizasyonu için, GO hücresel bileşeni ve GO molekülerinin iki ek açıklama veri seti ile bir PANTHER [103] aşırı temsil testi formunda bir Gen ontolojisi (GO) zenginleştirme analizi (http://geneontology.org/, [101,102]) Tanımlanan proteinlerin atandığı zenginleştirilmiş kategorileri değerlendirmek için referanslar olarak işlev (homo sapiens) yapıldı. Genel olarak 20.595 insan geni, hücresel bileşenler ve moleküler fonksiyonla ilgili çeşitli terimlerle haritalandırılmıştır. Fisher'in kesin testinin Bonferroni düzeltmeli p değeri ve Benjamini-Hochberg prosedürüne dayanan yanlış keşif oranının her ikisi de eşitse, bir kategorinin zenginleştirilmiş olduğu kabul edilir.<0.05

UKB hastalıkları. Son olarak, iki kopyalanmış OPN lokusu (±500kb) ve genom gösteren tüm UKB ikili hastalık özellikleri için ortak lokalizasyon analizi gerçekleştirmek üzere GeneAtlas veri tabanından (http://geneatlas. Roslin.ed.ac.uk/) GWAS'ı kullandık. geniş anlamlı ilişkiler (p-değeri<5.0E-08) in at least one of the two replicated OPN loci. Overall, GeneAtlas comprises GWAS results of 660 binary disease traits of ~450,000 UKB participants [23]. In addition, we adopted the conditional colocalization analysis approach which was first applied in a GWAS of plasma proteome [104].

 Performing colocalization on conditionally independent association statistics could reveal true colocalization signals that were missing when using marginal association statistics in the presence of multiple independent association signals. We applied the GCTA COJO Slct algorithm to identify independent association signals in the OPN region for the seven traits [105], which showed a trait association signal different from the OPN signal (H3: p1.2>{{0}}.8). Daha önce bahsedilen temizlenmiş ve atfedilen GCKD genotip veri seti, GCTA tarafından LD referansı olarak kullanılmıştır. Muhafazakar olması için eşdoğrusallık sınırını 0,1'e ayarladık. 1'den fazla bağımsız sinyale sahip lokuslar için, bölgedeki diğer bağımsız SNP'lere göre koşullandırılmış koşullu ilişkilendirme istatistiklerini oluşturmak amacıyla GCTA COJO-Cond algoritması tarafından yaklaşık bir koşullu analiz gerçekleştirildi [105]. Son olarak, koşullu ilişkilendirme istatistiklerini girdi olarak kullanan bağımsız SNP'lerin her biri için daha önce olduğu gibi ortak lokalizasyon analizleri gerçekleştirildi.

Toplu nadir varyant testi

Genel olarak, genotipleme (Exome çipi), eGFR, UACR ve log2(OPN) ölçümlerine ilişkin eksiksiz verilere sahip 4.879 GCKD katılımcısı, toplu nadir varyant testinin analizine dahil edildi (S1 Şekil). Daha önce açıklandığı gibi [106], R paketi seqMeta'da (v1.6.7, [107]) uygulanan iki tür nadir değişken toplama testi (yük testi, dizi çekirdek ilişkilendirme testi [SKAT]) ekzom çip verileri ve log2 kullanılarak gerçekleştirildi. (OPN) ölçümleri (sonuç). Gen başına, MAF'lı varyantlar<1% and having a major effect on the gene product (nonsynonymous, stop gain/loss, splicing; "qualifying variants") as annotated by dbNSFP v.2.0 were aggregated [24,25]. Results were filtered to retain genes with cumulative minor allele count (MAC) �10 and with �2 contributing variants per gene. Analyses were adjusted for age, sex, log(eGFR), and log(UACR). To adjust for multiple testing, the statistical significance level was corrected for the number of assessed genes (N = 17,575) and the two conducted tests: 0.05/(2×17,575) = 1.4E-06. Moreover, analyses were repeated for significantly associated genes additionally adjusted for the two replicated OPN loci.

Genç Finliler Çalışmasında tanımlanan lokusların replikasyonu

GCKD katılımcılarının GWAS'ında tanımlanan üç OPN lokusu, Genç Finlilerde Kardiyovasküler Risk Çalışması (YFS) kohortunda replikasyon açısından test edildi. Burada plazma OPN'si, 2007 yılında tahlil için ilk kez eritilen numunelerden enzim bağlantılı immünosorbent tahlili (Human Osteopontin Quantikine kiti, R&D Systems, ABD) ile ölçüldü. 2.442 katılımcının ve 546.677 genotipli SNP'nin numuneleri daha sonraki analizler için mevcuttu. Kalite kontrol ve itham. Daha fazla ayrıntı S1 Yöntemlerinde bulunabilir. Seçilen lokusa göre, log2(OPN)'nin SNP dozajı (katkı maddesi) üzerindeki ilişki analizi, SNPTEST v2.5.4 [89] kullanılarak yaş, cinsiyet ve eGFR için ayarlanan doğrusal regresyon modellerinin yerleştirilmesiyle oluşturulmuştur. GFR, MDRD çalışma denklemi ile tahmin edildi ve log{12}}analizden önce dönüştürüldü [108]. Çoğaltma, tek taraflı bir ilişki p değeri ile tanımlandı<0.05/3 (Bonferroni correction for three OPN loci).

Teşekkür KBH hastalarının GCKD çalışmasına katılma istekliliğinden dolayı minnettarız. Çeşitli bölgesel merkezlerin çalışma personelinin muazzam çabası büyük ölçüde takdir edilmektedir. Hastalara rutin bakım sağlayan ve GCKD çalışmasıyla işbirliği yapan çok sayıda nefroloğa teşekkür ediyoruz. GCKD Araştırmacıları S1 Bilgilerinde listelenmiştir. Şu anda GCKD çalışmasıyla işbirliği yapan nefrologların tam listesi (http://gckd.org) adresinde mevcuttur.

Yazar Katkıları Kavramsallaştırma: Peggy Sekula, Ulla T. Schultheiss.

Veri kürasyonu: Yurong Cheng, Yong Li, Nora Scherer, Franziska Grundner-Culemann, Terho Lehtima¨ki, Binisha H. Mishra, Olli T. Raitakari, Matthias Nauck, Kai-Uwe Eckardt, Peggy Sekula, Ulla T. Schultheiss.

Biçimsel analiz: Yurong Cheng, Yong Li, Nora Scherer, Franziska Grundner-Culemann, Binisha H. Mishra, Peggy Sekula, Ulla T. Schultheiss.

Finansman alımı: Terho Lehtima¨ki, Olli T. Raitakari, Kai-Uwe Eckardt, Peggy Sekula, Ulla T. Schultheiss.

Soruşturma: Binisha H. Mishra, Olli T. Raitakari, Peggy Sekula, Ulla T. Schultheiss.

Metodoloji: Yurong Cheng, Yong Li, Nora Scherer, Franziska Grundner-Culemann, Binisha H. Mishra, Matthias Nauck, Peggy Sekula, Ulla T. Schultheiss.

Proje yönetimi: Peggy Sekula, Ulla T. Schultheiss.

Kaynaklar: Peggy Sekula, Ulla T. Schultheiss.

Yazılım: Yurong Cheng, Yong Li, Binisha H. Mishra, Peggy Sekula, Ulla T. Schultheiss.

Denetleme: Nora Scherer, Franziska Grundner-Culemann, Peggy Sekula, Ulla T. Schultheiss.

Doğrulama: Yurong Cheng, Yong Li, Nora Scherer, Franziska Grundner-Culemann, Terho Lehtima¨ki, Binisha H. Mishra, Olli T. Raitakari, Matthias Nauck, Kai-Uwe Eckardt, Peggy Sekula, Ulla T. Schultheiss.

Referanslar

1. Kaleta B. Böbrek hastalıklarında osteopontinin rolü. Inflamm Res. 2019; 68(2):93–102. https://doi. org/10.1007/s00011-018-1200-5 PMID: 30456594.

2. Denhardt DT, Guo X. Osteopontin: çeşitli işlevlere sahip bir protein. Faseb j. 1993; 7(15):1475–82. Epub 1993/12/01. PMID: 8262332.

3. Ross FP, Chappel J, Alvarez JI, Sander D, Butler WT, Farach-Carson MC, ve diğerleri. Kemik matris proteinleri osteopontin ve kemik sialoprotein ile osteoklast integrin alfa v beta 3 arasındaki etkileşimler kemik emilimini güçlendirir. Biyolojik Kimya Dergisi. 1993; 268(13):9901–7. Epub 1993/05/05. PMID: 8486670.

4. Green PM, Ludbrook SB, Miller DD, Horgan CM, Barry ST. Osteopontin SVVYGLR motifinin yapısal elemanları alfa(4) integrinlerle etkileşim açısından önemlidir. FEBS Lett. 2001; 503(1):75–9. https://doi.org/10.1016/s0014-5793(01)02690-4 PMID: 11513858.

5. Hu DD, Lin EC, Kovach NL, Hoyer JR, Smith JW. Osteopontinin alfa v beta 1 ve alfa v beta 5 integrinlerine bağlanmasının biyokimyasal karakterizasyonu. J Biol Chem. 1995; 270(44):26232–8. https://doi.org/10.1074/jbc.270.44.26232 PMID: 7592829.

6. Xie Y, Sakatsume M, Nishi S, Narita I, Arakawa M, Gejyo F. Böbrekte osteopontinin ifadesi, rolleri, reseptörleri ve düzenlenmesi. Böbrek Uluslararası 2001; 60(5):1645–57. https://doi.org/10.1046/j.1523- 1755.2001.00032.x PMID: 11703581.

7. Rabb H, Barroso-Vicens E, Adams R, Pow-Sang J, Ramirez G. Neoplastik böbrekte alfa-V/beta-3 ve alfa-V/beta-5 integrin dağılımı. Ben J Nephrol. 1996; 16(5):402–8. https://doi.org/10.1159/ 000169032 PMID: 8886177.

8. Lopez CA, Hoyer JR, Wilson PD, Waterhouse P, Denhardt DT. Fare böbreklerindeki nefronlar arasında osteopontin ekspresyonunun heterojenliği ve sklerotik glomerüllerde ekspresyonun artması. Laboratuvar araştırması; teknik yöntemler ve patoloji dergisi. 1993; 69(3):355–63. Epub 1993/09/01. PMID: 8377476.

9. Giacopelli F, Marciano R, Pistorio A, Catarsi P, Canini S, Karsenty G, ve diğerleri. Osteopontin promotöründeki polimorfizmler onun transkripsiyonel aktivitesini etkiler. Fizyolojik genomik. 2004; 20(1):87–96. Epub 2004/10/14. https://doi.org/10.1152/physiolgenomics.00138.2004 PMID: 15479859.

10. Salimi S, Noora M, Nabizadeh S, Rezaei M, Shahraki H, Milad MK, ve diğerleri. Osteopontin kalay rs1126616 polimorfizmi ve daha yüksek serum osteopontin düzeyinin lupus nefriti ile ilişkisi. Biomed Temsilcisi 2016; 4(3):355–60. Epub 2016/03/22. https://doi.org/10.3892/br.2016.589 PMID: 26998275; PubMed Merkezi PMCID: PMC4774351.

11. Forton AC, Petri MA, Goldman D, Sullivan KE. Bir osteopontin (SPP1) polimorfizmi sistemik lupus eritematozus ile ilişkilidir. Hum Mutat. 2002; 19(4):459. Epub 2002/04/05. https://doi.org/10. 1002/humu.9025 PMID: 11933203.

12. Xu AP, Bai J, Lu¨ J, Liang YY, Li JG, Lai DY, ve diğerleri. Çinli hastalarda sistemik lupus eritematozus ile ilişkili osteopontin gen polimorfizmi. Chin Med J (İngilizce). 2007; 120(23):2124–8. Epub 2008/01/03. PMID: 18167187.

13. Fathy R, Elsayed GR, Hasan AS. Mısır Lupus Nefrit Hastalarında Osteopontin 9250 C/T Gen Polimorfizmi. SL Klinik Tıp: Araştırma. 2021; 4(1):120.

14. Kaleta B, Krata N, Zagozdzon R, Mucha K. İmmünoglobulin A Nefropatili Hastalarda Osteopontin Gen Polimorfizmi ve İdrar OPN Atılımı. Hücreler. 2019; 8(6). https://doi.org/10.3390/cells8060524 PMID: 31159229; PubMed Merkezi PMCID: PMC6628186.

15. Cheema BS, Iyengar S, Ahluwalia TS, Kohli HS, Sharma R, Shah VN, ve diğerleri. Asyalı Hintlilerde Osteo pontin gen promotör polimorfizminin diyabetik nefropatiye yatkınlıkla ilişkisi. Clinica chimica Acta; Uluslararası Klinik Kimya Dergisi. 2012; 413(19–20):1600–4. Epub 2012/05/ 16. https://doi.org/10.1016/j.cca.2012.04.028 PMID: 22584029.