RNA M6 A Okuyucu YTHDF2, NK Hücresi Antitümörünü ve Antiviral Bağışıklığı Kontrol Ediyor Bölüm 4

YTHDF2'nin, m6A içeren RNA'ları tanıyan ve bağlayan ve m6A transkriptlerinin bozulmasını düzenleyen bir m6A okuyucusu olarak görev yaptığı iyi bilinmektedir.
Daha sonra NK hücrelerinde YTHDF2 tarafından bağlanan hedef transkriptleri haritalandırmak için YTHDF2 antikorunu kullanarak RNA immünopresipitasyonu (RIP) sekansı gerçekleştirdik. YTHDF2-bağlanma bölgeleri, protein kodlayan dizi bölgesinde ve 39UTR'de zenginleştirilmiştir (Şekil S5, E ve F).

Okuyucular ile hafıza arasındaki bağlantı çok yakındır. Okumak hafıza becerilerimizi geliştirmenin en iyi yollarından biridir.

Okuduğumuzda beynimiz karmaşık bir süreçten geçer. Kelimeleri tarayıp anlamlara dönüştürdükçe beynimiz sürekli olarak yeni nöronal bağlantılar yaratıyor. Bu nöronal bağlantılar hafıza sistemimizi oluşturur ve bilgiyi uzun süreli hafızada saklamamıza yardımcı olur.

Ayrıca okumak hayal gücümüzü ve yaratıcılığımızı harekete geçirir, bu da hafızamızın gelişmesine yardımcı olur. Zihnimizde görüntüler ve sahneler oluşturduğumuzda beynimiz aktif olarak devreye girer, böylece daha fazla nöronal bağlantı oluşur ve bu da hafıza yeteneklerimizi güçlendirir.

Son olarak okumak aynı zamanda odaklanmamızı ve konsantrasyonumuzu da geliştirir. Okumaya odaklandığımızda beynimiz sürekli olarak tekrar tekrar egzersiz yapar ve bu da hafızamızı güçlendirir.

Genel olarak okumanın hafızamız üzerinde son derece olumlu bir etkisi olabilir. Okuma alışkanlığını geliştirerek ve okuyarak beynimizi uyararak hafıza becerilerimizi geliştirebilir ve daha zengin ve daha ilginç bir hayatın tadını çıkarabiliriz. Belleği geliştirmemiz gerektiği görülebilir ve Cistanche Deserticola hafızayı önemli ölçüde geliştirebilir çünkü Cistanche Deserticola, birçok benzersiz etkiye sahip olan geleneksel bir Çin tıbbi malzemesidir ve bunlardan biri hafızayı geliştirmektir. Cistanche Deserticola'nın etkinliği, tanik asit, polisakkaritler, flavonoid glikozitler vb. dahil olmak üzere içerdiği çok sayıda aktif bileşenden gelir. Bu bileşenler, çeşitli yollarla beyin sağlığını geliştirebilir.

Belleği geliştirmenin 10 yolunu bilin'e tıklayın

1.290 transkriptten 3.951 potansiyel YTHDF2 bağlanma zirvesi belirledik; bunların 426'sı (%33) anlamlı m6A zenginleşmesiyle tespit edildi. GO zenginleştirme analizi, 1.290 YTHDF2 hedef transkriptinin protein translasyonu, RNA bağlanması ve RNA eklenmesi açısından zenginleştirildiğini gösterdi (Şekil S5 G).

Daha sonra RNA-seq, m6A-seq ve RIP-seq yoluyla örtüşen transkriptlerden potansiyel hedef transkriptleri belirledik ve YTHDF2 tarafından bağlanan ve m6A ile işaretlenmiş (hem Ythdf2WT hem de Ythdf2ΔNK NK hücrelerinde) 29 transkriptten oluşan bir setin NK hücreleri arasında farklı şekilde eksprese edildiğini bulduk. Ythdf2WT ve Ythdf2ΔNK farelerinden (Şekil 7 G). Bunlar arasında, Ythdf2WT NK hücrelerindekilerle karşılaştırıldığında Ythdf2ΔNK farelerinden NK hücrelerinde 12 transkript yukarı regüle edildi ve 17 transkript aşağı regüle edildi (Şekil 7 G).

YTHDF2'nin fonksiyonel karakterizasyonuna ve RNA-seq verilerinden GO analizine dayanarak, Ythdf2 eksikliği, muhtemelen hücre döngüsü kontrol noktalarının veya hücre bölünmesi sırasında negatif düzenleyicilerin mRNA bozulmasını kolaylaştırarak NK hücre bölünmesini ve çoğalmasını etkiler.

Yukarı regüle edilmiş 12 transkript arasında, Mdm2 (fare çift dakika 2 [MDM2]; Frum ve diğerleri, 2009; Giono ve Manfredi, 2007; Giono ve diğerleri, 2017), Tardbp ( TAR DNA bağlayıcı protein 43 [TDP43]; Ayala ve diğerleri, 2008; Sanna ve diğerleri, 2020) ve Crebzf (CREB/ATFBZIP transkripsiyon faktörü; Hu ve diğerleri, 2020; López-Mateo ve diğerleri, 2012) NK hücrelerinde YTHDF2'nin potansiyel hedefleri olduklarını öne sürüyor.

M6A zirvelerinin, Integrative Genomics Viewer (Şekil 7 H) tarafından gösterildiği gibi, Mdm2 ve Tardbp'nin 39UTR'sindeki YTHDF2-bağlanma bölgelerine ve Crebzf genlerinin 59UTR'sine iyi uyum sağladığı dikkate alınmalıdır.

qPCR'yi takiben m6A veya YTHDF2 antikoru kullanan RIP, Mdm2, Tardbp ve Crebzf'nin gerçekten m6Ametillenmiş olduğunu ve NK hücrelerinde ağırlıklı olarak YTHDF2 ile zenginleştirildiğini doğruladı (Şekil 7, I ve J), ​​m6A-seq ve RIP-seq verilerini destekledi; üç gen, NK hücrelerindeki YTHDF2'nin potansiyel hedefleridir.

YTHDF2'nin mRNA stabilitesini modüle ederek Mdm2, Tardbp ve Crebzf ekspresyonunu düzenleyip düzenlemediğini araştırmak için, Ythdf2ΔNK ve Ythdf2WT farelerinden NK hücrelerinde aktinomisin D ile transkripsiyonun inhibisyonu yoluyla üç hedefin mRNA bozulmasını ölçtük.

Sonuçlar, Mdm2 ve Tardbp'nin, ancak Crebzf'in değil, Ythdf2WT farelerindekilerle karşılaştırıldığında Ythdf2ΔNK farelerindeki NK hücrelerinde daha uzun yarı ömre sahip olduğunu gösterdi (Şekil 7, K – M), bu, Mdm2 ve Tardb'nin, NK hücrelerinde YTHDF2 tarafından doğrudan düzenlendiğini öne sürüyor.

İmmünoblotlamayı kullanarak, MDM2 ve TDP43'ün protein seviyelerinin Ythdf2ΔNK farelerinden alınan NK hücrelerinde yukarı regüle edildiğini doğruladık (Şekil S5 H). Bu iki genin YTHDF2'nin fonksiyonel hedefleri olduğunu daha da doğrulamak için Mdm2- veya Tardbp kullandık -spesifik siRNA, iki genin in vitro ekspresyonunu yıkmak için (Şekil S5, I ve J).

Daha sonra, Ythdf2ΔNKNK hücrelerinin hücre çoğalmasını ve hayatta kalmasını, IL-15 varlığında Mdm2 veya Tardbp'nin yok edilmediği durumla karşılaştırdık. Sonuçlar, Tardbp'nin yıkılmasının, Ythdf2ΔNK farelerinden NK hücrelerinde hücre çoğalması ve hücre hayatta kalmasındaki kusuru en azından kısmen kurtarabildiğini gösterdi (Şekil 7, N ve O).

Ancak Mdm2'nin devrilmesinin herhangi bir kurtarma etkisi olmadı (Şekil S5, K ve L). Bu sonuçlar, YTHDF2'nin, Tardbp'nin mRNA stabilitesini inhibe ederek NK hücre çoğalmasını ve bölünmesini en azından kısmen düzenlediğini gösterir.

Tartışma

Bu çalışmada, YTHDF2-aracılı m6A metilasyonunun NK hücre bağışıklığında çok yönlü rollerini rapor ediyoruz. M6A modifikasyonlarının en önemli okuyucularından biri olan YTHDF2'nin, NK hücre homeostazisini, olgunlaşmasını, IL-15 aracılı hayatta kalmayı ve antitümör ve antiviral aktiviteyi sürdürmek için kritik olduğunu bulduk.

Ayrıca, fare NK hücrelerinde efektör fonksiyonlarına ve hayatta kalmaya katkıda bulunan, IL-15'nin aşağı akışında, STAT5 ile YTHDF2 arasında yeni bir pozitif geri besleme döngüsü belirledik. Çalışmamız genel olarak NK hücresinde doğuştan gelen bağışıklıkta YTHDF2 veya m6A metilasyonunun biyolojik rollerini açıklamaktadır. YTHDF2'nin malign transformasyona ve viral enfeksiyona karşı doğuştan gelen bağışıklık tepkisini nasıl düzenlediğine ilişkin bilgi boşluğunu dolduruyor.

Bulgularımız, NK hücresi antitümör immünitesinden yararlanmak için yeni bir yön sağlar ve aynı zamanda doğuştan gelen bağışıklığın şekillendirilmesinde m6A modifikasyonlarına ilişkin anlayışımızı geliştirir. M6A okuyucu proteini YTHDF2, hedef mRNA'ların stabilitesini düzenler (Du ve diğerleri, 2016; Wang ve diğerleri, 2014). Çok sayıda çalışma YTHDF2'nin çeşitli biyolojik süreçlerdeki geniş etkisini desteklemiştir.

YTHDF2 normal hematopoetik kök hücre genişlemesini ve kendini yenilemeyi baskılar ancak aynı zamanda uzun vadeli hematopoetik kök hücre bakımı için de gereklidir (Li ve diğerleri, 2018;Mapperley ve diğerleri, 2021 Paris ve diğerleri, 2019; Wang ve diğerleri, 2018a). Son zamanlarda bu gen, bakteriyel enfeksiyon sırasında inflamasyonun sınırlandırılmasında rol oynamaktadır (Wu ve diğerleri, 2020a). YTHDF2'nin tümör gelişimindeki rolü ve mekanizması iyi incelenmiştir.

YTHDF2, lösemik kök hücre gelişimini ve akut miyeloid lösemi başlangıcını destekler (Paris ve diğerleri, 2019). Löseminin yanı sıra, YTHDF2'nin prostat kanseri (Liet diğerleri, 2020), glioblastoma (Dixit ve diğerleri, 2021) ve hepatoselüler karsinom (Chen ve diğerleri, 2018; Hou ve diğerleri,) dahil olmak üzere katı tümörlerin gelişimini desteklediği gösterilmiştir. 2019; Zhang ve diğerleri,2020), tümör baskılayıcılar LHPP ve NKX3-1 (Li ve diğerleri, 2020), IGFBP3(Dixit ve diğerleri, 2021), OCT4 () gibi çeşitli m6A ile değiştirilmiş transkriptleri hedefleyerek Zhang ve diğerleri, 2020) ve SOCS2 (Chenet diğerleri, 2018).

YTHDF2, tümörün ilerlemesinde destekleyici bir rol oynamasına rağmen, çalışmamız, YTHDF2'nin, özellikle viral enfeksiyonlara ve malign transformasyona karşı doğuştan gelen bağışıklığın önemli bir bileşeni olan NK hücrelerinde, tümör hücrelerine karşı bağışıklık tepkisinde yararlı bir rol oynadığını ortaya koymaktadır.

Bu nedenle, YTHDF2'nin inhibisyonu, NK hücrelerinin konakçı antitümör tepkisini bozabileceğinden, kanser terapisi için tümör hücrelerini hedef alan YTHDF2 inhibitörlerinin gelecekteki gelişimi dikkatle takip edilmelidir. Öte yandan, YTHDF2'nin NK hücrelerinde veya diğer bağışıklık hücrelerinde antitümör aktivitesinden yararlanmak, bunun doğrudan tümör hücreleri üzerindeki potansiyel etkisini dikkate almalıdır. YTHDF2'nin tümör hücrelerinde ve bağışıklık hücrelerinde farklı hedeflemesi, antitümör aktivitesini maksimuma çıkarmalıdır.

For more information:1950477648nn@gmail.com